初名「兴善院」，
宋治平三年（一○六六）改额「兴道禅院」。上有浮图、南塔、涵清亭，下瞰大溪为放生池。明永乐十八年（一四二○年），僧宗谔重修，清顺治五年（一六四八年），僧寂用铸钟结宇始成
大观。清嘉庆年间（一七九六～一八二○年），僧廷鉴重修，
爱新觉罗·旻宁时，其徒续修。民国改称今名。
新中国成立后，曾一度被废。一九八二年后，逐渐恢复宗教活动。一九八六年县佛教协会筹备组成立，会址设在该寺。定空尼师任南峰寺当家。一九八六－至一九九四年，在尼定空和僧定悟的住持下，对寺宇进行了全面整修，新建三圣殿，使南峰古刹重放光辉。一九八九年，经台州行署批准为对外开放寺院。