菲利普·弗朗兹·冯·西博尔德（Philipp Franz von Siebold，1796年2月17日－1866年10月18日），德国内科医生，植物学家，旅行家，日本器物收藏家。他因研究日本的动植物和引入西医在日本的成就而闻名，并是第一位接受西医教育的日本女医生楠本伊能的父亲。

菲利普·弗朗兹·冯·西博尔德出生于德国巴伐利亚州的符兹堡城中一个医生家庭。他的祖父、父亲和他的叔叔都是维尔茨堡大学的医学教授。西博尔德于1815年在同一大学开始学习医学，并于1820年获得医学博士学位。之后，他开始在巴伐利亚王国的海丁斯费尔德行医。

1823年6月28日，西博尔德抵达出岛负责搜集日本列岛上的信息，社会和政治结构以及调查扩大现有贸易的可能性。外国人都不准离开贸易站，但作为一个医生，他另有机会。西博尔德治愈了一个有影响力的地方官员，他被允许在贸易站以外做点小事情，以及应日本患者要求上门服务。

他还立即与日本医生和科学家进行了联系，并在长崎市开设了一所医学院，成为约50名学生的聚会场所。他引入了疫苗接种和病理解剖等西医技术，并与日本官员鼓励的一小群能读写荷兰文的科学家，即兰学家，建立了联系。西博尔德的房子迅速变成了举办讲座、会议和进行讨论的集会点，而东道则被看作是西方科学的专家。在这些接触的基础上，荷兰语成为了通用语，使日本获得了接触西方科学和发明的通道。此亦即西博尔德于1824年在出岛外开设的教授兰学的鸣滝塾(日语：鸣滝塾)之功能。

在日本期间，冯·西博尔德与楠本滝生活在一起，并于1827年生下了他们的女儿楠本伊能。伊能后来成为日本第一位接受西医训练的女医生，并于1882年成为一名备受尊敬的执业医生和皇室医生。

西博尔德作为一个普通医生也赢得了赞誉，并在贸易站附近广大地区上门治疗。他不被允许通过服务接受付款，但心怀感激的患者们赠给他物品和文物作为替代。这是他的民族志收藏的基础。他集中收集植物、种子、动物以及各种日常工具，并在自己的家后面建立了一个小型植物园。西博尔德聘请本地艺术家来将动物、物体和日常做法的图像摹写于纸上，并付钱给三个职业猎人以捕捉珍稀动物。在他访问病人时，他尽可能多地收集了天然材料，并且他的学生给了他他们可以染指的所有东西。

1828年，西博尔德要到幕府走一遭，此即按东京当时的要求从长崎市到江户城的所谓江户参府。在返回出岛后不久，西博尔德便准备离境去爪哇。在这许多个月的幕府旅程中，西博尔德不仅收集到许多植物、动物和文物，还拥有了日本的地图。当这些东西数量太多时，它们被送往了出岛。拥有地图是被严格禁止的。经过一段时间的软禁——在此期间西博尔德的许多人际关系均被调查——之后，1829年他被驱逐出日本，并被命令不得再次进入该国。

1830年，冯·西博尔德返回荷兰，并在莱顿定居下来。他成立了一个博物馆，这个小型私人博物馆最终演变成了莱顿国家民族学博物馆。他的植物标本成为莱顿国家植物标本馆的基础。西博尔德在出岛时发送的自然史的材料已经通过四个船次运到了莱顿。最后一次他也随船而行，此即1829年他本人被迫离开日本。Heinrich Bürger仍然在出岛并负责随后发送另外三个船次。这些船次，总数超过10,000项，是位于莱顿的自然博物馆以及国家植物标本馆藏品的核心。

利用Bürger和西博尔德运到荷兰的大量动物，动物学Coenraad Jacob Temminck(1778-1858)，Hermann Schlegel(1804-1884)和Hermann Schlegel(1801-1855)得以充分描述日本动物群。1833年到1850年间，当他们的研究结果发表在'Fauna Japonica'上时，它使到那时为止日本那不为人所知的动物世界成了非欧洲国家中被描述得最完善的动物群。荷兰国王威廉一世对西博尔德的收藏表示了浓厚的兴趣。经过多次商谈，他使皇家私藏(het Koninklijk kabinet Van Zeldzaamheden)与西博尔德和其他两个在出岛的重要研究者的收藏汇集起来。西博尔德的收藏被荷兰政府购买，新博物馆成了现在位于莱顿的国立民族学博物馆的前身。

1859年起，他作为外交官再次前往日本，直到1862年。

以西博尔德名字命名的动植物甚多，兹举例如下：

- 宏碁 sieboldianum

- 铁线莲 Clematis florida "sieboldii"

- 奇羽鳞毛蕨 Dryopteris sieboldii

- 蓝粉玉簪 Hosta sieboldii

- 天女花 Magnolia sieboldii

- 三叶海棠 Malus sieboldii

- 樱草 Primula sieboldii

- 南殿樱 李属 sieboldii

- 日本圆扇八宝 Sedum sieboldii

- 铁杉 铁杉属 sieboldii

- 毛叶荚迷 荚蒾属 sieboldii

- 西宝芋螺 Conus sieboldii (Reeve,1848)

- Pharaonella sieboldii (Deshayes,1855)

- Pheretima sieboldi (Horst,1883)

- 无霸勾蜓 Anotogaster sieboldii Sélys,1854

- 须鱲 Zacco sieboldii (Temminck et Schlegel,1846)

- 舌齿紫鱼 Pristipomoides sieboldii (Bleeker,1857)

- 红翅绿鸠 Treron sieboldii (Temminck,1835)

在引证由菲利普·弗朗兹·冯·西博尔德命名的一个植物学名时，该作者的标准命名人缩写是 Siebold。