内蒙古自治区巴彦淖尔市人民政府是巴彦淖尔市的一级国家行政机关，是巴彦淖尔市人民代表大会的执行机关，对巴彦淖尔市人民代表大会和内蒙古自治区人民政府负责并报告工作，在巴彦淖尔市人民代表大会闭幕期间，向巴彦淖尔市人民代表大会常务委员会负责并报告工作。

今磴口县则属甘肃行省宁夏路。

中华民国元年五原厅改县。

民国3年（1914年）设绥远特别行政区。

民国14年（1925年）设置临河区、大佘太设治局，民国16年（1927年）设置磴口县。

民国17年（1928年）绥远特别行政区改设为绥远省。

民国31年（1942年）绥远省在后套实行新县制，增设米仓县、狼山县、晏江县和陕坝市镇筹备处。

1949年，绥远和平解放。

1950年3月成立绥远省陕坝专员公署。

1952年10月，乌拉特中旗、乌拉特后旗合并，改设为乌拉特中后联合旗。

1954年绥远省撤销，绥远省陕坝专员公署改设为内蒙古自治区河套行政区。

1956年，甘肃省所辖巴音浩特蒙古自治州和额济纳旗自治州划回内蒙古自治区，成立巴彦淖尔市，盟政府驻巴彦浩特市，辖阿拉善厄鲁特旗、额济纳旗、磴口县和巴彦浩特市。

1958年，河套行政区、巴彦淖尔盟合并，成立新的巴彦淖尔盟。巴彦淖尔盟行政公署迁至磴口县巴彦高勒镇，辖阿拉善旗（1961年撤，分设为阿拉善左旗和阿拉善右旗）、额济纳旗、杭锦后旗、乌拉特前旗（1958年由乌兰察布市划归，1960年7月～1963年12月间隶属于包头市）、乌拉特中后联合旗（1958年由乌兰察布盟划归）、五原县、临河县、磴口县（1960年7月～1964年7月间为巴彦高勒市）、乌达区（1961年7月设）。

1969年7月，将阿拉善左旗划出归宁夏回族自治区，阿拉善右旗、额济纳旗划出归甘肃省。

1970年，巴彦淖尔市革命委员会由磴口县巴彦高勒镇迁临河区，10月设置潮格旗，时巴彦淖尔盟辖杭锦后旗、乌拉特前旗、乌拉特中后联合旗、潮格旗、五原县、临河县、磴口县、乌达市（1975年8月划出）。

1982年，乌拉特中后联合旗、潮格旗分别更名乌拉特中旗、乌拉特后旗，1984年12月，临河县改设为临河市（县级）。

2003年12月1日，国务院批准撤消巴彦淖尔盟和县级临河市，设立巴彦淖尔市和临河区。巴彦淖尔市人民政府驻临河区，巴彦淖尔市辖杭锦后旗、乌拉特后旗、乌拉特中旗、乌拉特前旗、五原县、磴口县和临河区。

临河区人民政府

杭锦后旗人民政府

乌拉特后旗人民政府

乌拉特中旗人民政府

乌拉特前旗人民政府

五原县人民政府

磴口县人民政府

2023年7月18日，巴彦淖尔市人民政府与淮河能源控股集团有限责任公司在临河签订战略合作框架协议。