南京地铁1号线是南京地铁的第一条地铁线路，于2000年12月12日开工建设，2005年5月15日开通观光运营。9月3日，正式开通运营。标志色为蓝色。

南京地铁1号线线路北起迈皋桥站，沿南京主城区中轴线一路南下，于安德门站向东南转至东山新城，进入江宁大学城，南至中国药科大学站。1号线北延开通后，线路起点为既有迈皋桥站，终点至八卦洲大桥南站。

南京地铁1号线全长45.42km，32座车站，其中地下站21座，地面及高架站11座。车辆选型为初、近、远期均采用A型6节编组，牵引供电为直流1500V。列车最高运行速度为80km/h。

南京地铁1号线在巩固新街口商圈功能地位的同时，提升夫子庙、湖南路等地区、旅游景点的交通功能。

南京人的地铁梦始于1984年，20名人大代表的提议案，说出了南京人的心声。南京市委市政府高度重视，于1986年4月，成立了市综合交通规划领导小组地铁专业组，地铁前期规划工作启动。

1988年，戴永宁在带领研究人员仔细考察了香港地铁后，起草了南京市地铁建设的第一份《项目建议书》。1989年，市政府组建了地铁筹建处，在市建委的领导下开展地铁筹建工作。作为当时分工负责城建的副秘书长兼市建委副主任戴永宁，一直亲历了南京市在地铁的规划和筹备上的一波三折。1992年，南京市结合中山南路南下工程，开始建设地铁试验站——三山街站。

1994年，国家计委才发出同意南京市地铁“预立项”的批文。尽管中间1993年由于国家宏观调控，经济环境发生变化，工程被迫停工，但那时，南京地铁三山街站，也就是试验站的顶板、连续墙和60多根立柱已经做好，布好了各种管线。当中山南路南下工程在地铁站上面竣工开通时，下方地铁三山街站的土建工程已经完成了60％。南京在地铁建设前，还加强了调查、勘探工作，进行了工作量极其浩繁的地质勘探、管线等地下情况的调查工作。在事先的规划控制中，新街口地区的中央、新百、东方等大商场，在建设时就预留了地铁出入口、风亭、风道等设施，中山南路南下工程也为地铁预留了高架桥空间。

1999年4月，南京地铁1号线一期工程项目经国务院批准正式立项。5月28日，南京市地下铁道工程建设指挥部、南京市地下铁道总公司成立，并在年底拿到工程可行性研究报告和开工报告的批准文件。

2000年5月30日，南京地铁南北线一期工程又被批准为国家重点建设项目之一。12月12日，南京地铁1号线工程开工建设，翻开了南京地铁历史性的一页。

2002年4月16日，南京地下铁道有限责任公司与中车南京浦镇车辆有限公司和阿尔斯通公司联合体三方代表就南京地铁南北线一期工程共20列120辆地铁车辆采购合同签字。4月29日，南京地铁南北线一期工程TA1标菊花台1号隧道胜利贯通。这是南京地铁开工以来首条贯通的矿山法施工隧道。10月25日，地铁一号线西延工程正式开工建设。

2003年7月1日，地铁一号线正线铺轨。同年12月初，地铁一号线全线“洞通”。次年6月26日，地铁一号线按期实现全线轨通目标。2005年5月15日，南京地铁一号线开通观光运营。8月12日，南京地铁开始了载客模拟试运营。模拟试运营受到了南京市民的响应，平均每天10余万人次的客流量。9月3日，南京地铁1号线正式开通运营，标志着南京成为中国内地第6个开通地铁的城市。

2006年3月21日，《南京地铁一号线南延线工程可行性研究报告》通过专家组评审。经过评审，一号线南延线最终投资额695244万元，全长18．01公里，每公里造价平均3．8亿元，低于一号线3．92亿元的平均造价。11月20日，南京地铁1号线南延线（试验站）开工。2008年5月28日，南京地铁一号线工程通过竣工验收。

2009年12月15日，北京地铁1号线成都地铁1号线南延线全线贯通，一号线线路北起迈皋桥站、西至奥体中心站，设16座车站，全长21.72公里。2010年1月10日，南京地铁3号线与一号线西延过江线试验段举行开工典礼。按照计划，这两条过江线路都将于2015年上半年建成通车。  2011年6月28日，南京地铁1号线南延线南京南站开通。

2014年6月1日，原一号线小行、中胜、元通、奥体中心4站割接，接入在建的十号线。次年5月，《南京市城市轨道交通建设规划(2015—2020年)》获中华人民共和国国家发展和改革委员会批复，其中包括1号线北延线。2016年4月16日，南京地铁一号线北延线工程环境影响评价第一次公示，6月14日，南京地铁1号线北延工程环境影响评价第二次公示。7月20日，南京地铁1号线北延工程环境影响评价全本公示。8月，南京地铁1号线北延工程工可报告顺利通过专家评审。9月22日，江苏省环保厅以《关于对南京地铁1号线北延工程环境影响报告书的批复》（苏环审【2016】99号文）正式批复了南京地铁1号线北延工程的环评。12月30日，在南京市交管部门、栖霞区城管部门和江南小化工集中整治工作现场指挥部的积极配合下，1号线北延工程南京二桥公园站一期围挡施工顺利完成。

2017年1月17日，南京市发改委印发宁发改投资字[2017]22号文，正式批复了南京地铁1号线北延工程初步设计。5月，南京地铁1号线北延线正式动工，该线二桥公园站已开始围护结构施工，其余区段正在进行勘察、设计及招标工作。9月，南京地铁1号线北延工程进行围挡施工。

2018年9月，南京地铁一号线北延先导段二桥公园站一期围护结构已完成施工，二期围护结构受征拆影响暂无可施工作业面，另有3座车站正在进行局部围护结构施工。其余区段随着拆迁工作的推进逐步开工。次年7月31日上午，南京地铁1号线北延迈皋桥站至晓庄站区间左线“紫荆号”盾构机顺利始发，这也是全线首台始发的盾构机，标志着1号线北延正式进入盾构施工阶段。

2020年1月15日，南京市交通运输局发布《关于南京地铁5条线路车站站名的公告》，对南京地铁1号线5座车站的最终命名进行公示。10月11日，南京地铁1号线北延TA04标南京二桥公园站主体结构顺利封顶，成为全线第一个完成封顶的车站，为下一阶段车站附属施工打下坚实的基础。次年7月，由南京大地建设集团承建的地铁一号线北延D1N-TA02标吉祥庵站项目主体结构顺利封顶。8月31日，南京地铁1号线北延项目晓庄站主体结构最后一块顶板顺利封顶，至此晓庄站主体结构全部完成。10月31日，斗山站主体全面封顶。

2022年5月4日，燕子矶站二期接收井（首段）主体结构封顶。5月27日，燕子矶站~笆斗山站盾构区间双线贯通。6月25日，燕子矶站主体全面封顶。9月14日，南京地铁1号线北延工程已基本完成建设任务，顺利通过项目工程验收，标志着这条线路即将开始不载客试运行。12月28日，南京地铁1号线北延线开通运营。

2023年9月27日、9月29日至9月30日、10月4日至10月6日1号线延时运营至次日0:00，1号线南京南站的末班车延时至次日1:00，延时期间行车间隔为10至20分钟。10月1日至10月3日线网各线路维持正常运营时间。

截至2023年12月，地铁1号线途径栖霞区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起迈皋桥站，沿南京主城区中轴线一路南下，于安德门站向东南转至东山新城，进入江宁大学城，南至中国药科大学站。线路总长38.9千米；共设置27座车站，其中地下站16座，地面及高架站11座。车站自北向南依次为：迈皋桥站、红山动物园站、南京站、新模范马路站、玄武门站、鼓楼站、珠江路站、新街口站、张府园站、三山街站、中华门站、安德门站、天隆寺站、软件大道站、花神庙站、南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、百家湖站、小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南京医科大学•江苏经贸学院站、南京交院站、中国药科大学站。

南京地铁1号线北延线路全长6.52km，其中高架段0.32km，过渡段0.37km，地下段5.83km，全线共新设5座车站，均为地下站，平均站间距为1.34km。1号线北延开通后，1号线全长45.42km，32座车站。线路起点为既有迈皋桥站，终点至八卦洲大桥南站，设二桥公园停车场1处。线路全线利用既有迈皋桥主变电站及珠江路控制中心。车辆选型为初、近、远期均采用A型6节编组，牵引供电为直流1500V。列车最高运行速度为80km/h。

南京地铁1号线采用大小交路混跑的运行模式，大交路从八卦洲大桥南站到中国药科大学站，单趟运营时间为74分钟，小交路从八卦洲大桥南站到河定桥站，单趟运营时间为51分钟。

南京地铁一号线采用世界最先进的A型（M系列）宽体列车。由南京浦镇车辆厂和阿尔斯通公司合作生产的这种地铁车辆，是地铁车辆家族中载客量最大的一种，这种列车每节长24.4米，宽3米，高3.8米，每列编组为6辆，是目前世界上流行的一种。

车体采用宽体技术（车辆外宽3米），动车长22.8米，拖车长24.4米。列车采用交流传动，进一步减少了车载设备，减轻了自重，增加了功率，运行更加快速平稳。车上装有车载计算机系统和ATC自动控制系统，列车既可以由司机驾驶，也可实现无人驾驶。列车在运行中自动报站，驾驶员通过操纵屏幕按钮，可以了解全列车的运行的速度以及到站的距离。列车采用了目前城轨车辆制造中较先进的模拟制动机技术，使列车的停靠精度达到±250mm，也就是说，列车进站停车和车门标志线的误差只有2.5厘米。

列车色彩呈红蓝相间，车头呈流线型，可以最大限度减小运行中的空气阻力。车体全部采用铝合金材料做成，具有美观耐腐和自重轻等优点。车门为自动塞拉门，由车载计算机控制，能确保乘客上下车安全。列车采用交流传动，列车最高时速可达到80km/h。从起动到最高速度不到30秒，从高速运行状态到完全制动只需23.4秒。车内全部采用不锈钢扶手，座椅采用玻璃钢结构，并依据人体的曲线设计，更好满足乘坐的舒适性。由于设计更加科学，车内空间比一般国内地铁车辆大幅增加。单节车厢的载客量为318人（超员421人），整列车载客量1886人（超员2496人），比一般国内地铁车辆增加38%。

南京地铁一号线共安装自动扶梯90台，残疾人电扶梯24部。为了方便残疾人，大多数车站都设有专供残疾人使用的垂直电梯。迈皋桥、三山街、南京站因特殊原因无法安装垂直电梯，就在楼梯一侧安装了轮椅升降台。售票处在哪，厕所在什么方位，这都是市民在进入地铁站后最想知道的一些细节。南京地铁一号线设置了先进的导向标识系统。这套系统由电子标识、语音提示系统以及分布各个角落的液晶显示系统等组成，乘客不用担心在地下宫殿迷失方向。地铁车站内普遍不设固定的公共厕所，在鼓楼站、新街口站、小行站、中胜站、元通站各建了两座厕所，奥体中心站则建了3座公厕。

充值网点：迈皋桥站、红山动物园站、南京站、新模范马路站、玄武门站、鼓楼站、珠江路站、新街口站、张府园站、三山街站、中华门站、安德门站、花神庙站、南京南站、双龙大道站、河定桥站、百家湖站、竹山路站、龙眠大道站。（充值时间为：8:00-11:00；11:30-18:30）

综合业务点：新模范马路、鼓楼、珠江路、新街口、安德门、河定桥、百家湖、龙眠大道。

南京的地质状况很复杂，地下水位较高，有较多的古河道及大量含水砂层，在基岩中存在着断层及构造破碎带。地铁一号线一路上共遇到3个岗地2个盆地，盆地下又遭遇古河道；尤其是西延线所在的河西地区，是河漫滩的软土地层，含水量丰富，稳定性差，线路中还存在着全国罕见的软流塑地层带，这些不利的地质条件给地铁的地下施工带来了很大的难度。

南京地铁一号线一期工程施工线路基本上位于城市南北向主干道下，原有的上、下水、煤气、供电、通讯等管线交错其下。而南京地下管线的复杂程度尤以新街口、鼓楼区一线为最,仅这两处的管线种类即达到32种，110多道。可以说每前进一米都将遇到管线障碍，一方面迁移众多管线使施工难度增加，进度减缓，另一方面管线资料不全又使勘测、施工的危险性和不确定性增加。地下管线中有的是解放前埋设的，有的是单位自行改线而没有上报的，还有的是军用管线在规划部门没有备案。这些情况直接导致地铁勘测、施工难度的增加，很有可能因有关部门无法提供准确资料而导致施工中地下管线的变形、沉降、断裂，情况一旦发生将有可能引发断水、断气、停漏电、乃至出现人员伤亡等事故。

南京地铁一号线纵贯城市南北中轴线，地铁工程施工大都在繁华闹市展开，不仅要避让沿线众多建筑物桩基和南北向的鼓楼公路隧道，还要从东西向的内秦淮河、玄武湖公路隧道、玄武湖以及龙蟠路隧道、南京站既有铁路线下穿越，同时还要预留鼓楼公路东西向隧道，将遇上一系列的困难和矛盾。一方面地铁的大规模施工需要暂时开挖部分路面，占用部分道路，对环境和商业经营有所影响；另一方面城市中心能提供的施工场地很狭小,同时又要尽量保证地面商业经营和景观不受到太大的影响，保证安全，这些使得施工时施展不开。如果这一矛盾协调处理不好，显然会影响地铁施工的顺利推进。同时仅拆迁一项就需征用土地1421亩，安置劳动力1147人，涉及的拆迁企业达435家，企业职工约13000人，拆除房屋面积约16万平方米，外部协调难度和工作量十分巨大。

地铁施工过程中的交通组织及交通疏解尤为重要。由于一些地段的施工使道路变窄，有时甚至需要封闭部分路段，交通环境恶化，社会车辆的进出及现有交通的组织困难，另一方面施工、昼夜运土车辆本身的进出同样存在交通组织问题。

地铁建设在我国是一门新兴产业，由于专业的原因，人才奇缺，其中主要的26个专业中有些专业在我国现有大学中设置课程的很少。随着工程建设的全面展开以及运营工作逐步筹备，一方面，需要不断挑选引进各类专业技术人才，另一方面，由于编制、素质、业务等方面条件有限，对于进人需要从严掌握，宁缺勿滥。

地铁珠江路车站是首个特色车站，它的命名源起一个发生在车站的真实故事，2007年2月糖果车站正式命名。糖果车站的标志体现了车站的关爱和用心，体现糖果——甜蜜、温馨、感化的精神，表现人与人之间的关爱。糖果车站的打造旨在以珠江路车站为一个亮点，用发送糖果的形式向乘客传递地铁服务的真情，用实际行动彰显人文地铁的关爱情怀和企业精神，以达到“内强素质，外塑形象”的目的。

新街口“和谐车站”，坐落于“中华第一商圈”的新街口， 2008年12月，新街口站正式挂名“和谐车站”， 成为了南京地铁第二个品牌车站。从2008年6月开始了新街口“和谐车站”的品牌车站创建工作。南京地铁一直以打造“人文地铁”为企业的品牌追求，把人文理念融入日常运营之中，以“人文”为催化剂，以期望带动整个城市文化氛围的提升，为南京的发展注入软实力。通过和谐车站的创建有力推动与南京社会和谐、南京经济及周边商家和谐、与周边环境和谐、与历史和谐、与周边空间及内部空间和谐、与乘客且乘客之间和谐，力求实现车站有序、协调、均衡的发展。并在人文的指引下，使新街口车站具有德行、融通、乐程三大功能。

南京南站是结合高铁、长途汽车、地铁为一体的综合型交通枢纽，地铁南京南站位于地下负一层，是这个交通枢纽的重要部分。南京南站位于机场高速公路以东，双龙大道以西，呈南北走向，车站建筑总面积约8万㎡，主体部分建筑面积约7万㎡，车站有11个出入口，11个联络通道，实现了地铁与高铁、长途汽车、公交汽车和出租车的无缝对接。目前车站汇聚了四线换乘，乘客在站内可乘坐1、3、S1、南京地铁S3号线，地铁1、3号线为同站台换乘，S1、S3号线为同站台换乘，地铁1、3号线于S1、S3为换乘通道换乘。

在地铁南京南站的西侧站厅，有一面世界上最大的博爱墙。墙上4000条爱的箴言勾勒出六副爱的壁画，每副壁画都由两只手组成爱的手势，分别是两手互相握臂，两手相握，爱心的手势，两手相牵，两手互握成拳，两手相叠写字（也可理解为教写字）。壁画的底面由“仁爱”“兼爱”“博爱”六个大字组成，分别代表孔子、墨子、孙中山三人“爱”的思想。

车站也通过博爱岛的设置，为乘客提供饮水、针线包、手机充电、地图问询、雨伞借用、急救药箱等近十项具体措施来为乘客提供方便。

鼓楼“清风车站”，是南京地铁继珠江路“糖果车站”、新街口“和谐车站”、南京南站“博爱车站”之后第四个品牌车站，于2012年9月正式揭牌。充分利用城市地铁站点和列车这一新型载体，突出文化浸润的特殊效果，将反腐倡廉教育与中国历史文化、南京地域文化、廉政特色文化相融合，是对廉政文化知识的传扬与普及；是进一步彰显人文南京城市魅力与厚重历史，不断增强公民廉洁意识的有效手段。

“鼓楼•清风站” 设计秉持“务实求真弘正气，扬清激浊倡廉风，金陵廉史山河壮，鼓楼清风伴君行”的理念，按照内容不同划分为十一大版块，即：明鉴墙、艺术墙、清风厅、清风谱、时光廊、正气歌、清风廊、咏廉堂、颂责墙、劝言篇以及“金陵廉史文化展”；“清风号•首列地铁廉政文化专列”采用宣传画、剪纸、格言的形式，体现“一路正气，两袖清风”的内在涵义。

“美德车站”是由中共南京市委宣传部、南京市文明办和南京地铁集团合力打造，面向社会公众展示美德、传扬美德、激发美德的新载体。“美德车站”设在地铁南京站的北站厅及出入通道，包含主题墙、核心柱、楷模馆、美德格言、传承美德、践行美德六大板块，充分利用地铁站台的墙面、立柱、长廊、楼梯栏杆、电子屏等载体，运用静态动态展示手段，通过文字、图片、视频，讲述一个个源于南京寻常生活、体现社会核心价值、彰显市民道德风貌的美德故事、美德人物。希望这个小小的美德窗口，能够激发更多对美德善行的关注、感悟和参与，让更多的人共同来谱写南京城和南京人最美的道德篇章。

“创业车站”是全国首个以创业为主题的地铁车站，是软件谷推进“大众创业，万众创新”的创新平台；“创业车站”是南京“人文地铁”推出的第6个主题车站，是展示传播南京创业文化精神的窗口。

创业车站”是由中国（南京）软件谷管委会与南京地铁集团携手打造，“整个车站共分为：激发人才创造活力的氛围营造区；科技创意产品宣传展示的产品体验区；发布创业活动和创业资讯的信息发布区；互联众创空间和创投机构的资源对接区以及举办小型的创业活动的创业活动区五大功能板块。启动仪式结束后，在创业车站互动体验区举办了软件谷首届“UP产品发布会”，发布了谷内企业易创空间蚂蚁计划、威泡智能微型电视投影仪、安科诺指纹智能锁、来拿APP 4个创业项目产品，同时还展示了意念飞行器（十四所睿创空间提供）、智能机器人（亿嘉和科技）、激光键盘（宏图三胞高科技术有限公司）等谷内公司、创客团队开发的最新科技创意产品。

2005年，霍建华与林心如首次合作的电视剧《地下铁》在南京拍摄。该剧中出现了南京地铁1号线的好多镜头。

地铁一号线的开通缓解了南京日趋拥挤的城市交通，改变了城市客运格局。在城市的一条中轴线上，为市民提供了一个新的交通工具。地铁一号线在巩固新街口商圈功能地位的同时，提升夫子庙、湖南路等地区、旅游景点的交通功能。此外，地铁线路的开通也是拉伸城市框架的好机会。此前，南京城市交通一直是平面的，地铁开通后，南京进入立体交通时代。

2023年12月6日，有网友反映，在南京地铁1号线上，有一只小老鼠在车厢中跑来跑去。7日，南京地铁工作人员表示，正在调查核实，若属实，将会对车厢进行消杀。

2023年12月21日早，南京地铁官方发布消息致歉，地铁1号线河定桥站突发信号故障，改为全线大交路运行。