环境工程微生物学是一门综合性的学科，它不仅涉及微生物的基本特性，还包括了在自然环境和污染环境中微生物的功能和应用。该学科的研究对象涵盖了广泛的微生物群体，包括一些小型的后生动物。

环境工程微生物学的研究对象包括微生物的形态、细胞结构及其功能，微生物的营养、呼吸、物质代谢、生长、繁殖、遗传与变异等基础知识。此外，该学科还探讨了生活在水体、土壤、空气、城市生活污水、工业废水和城市有机固体废物生物处理，以及废气生物处理中的微生物及其生态。同时，也关注饮用水卫生细菌学、自然环境物质循环与转化、水体和土壤的自净作用，以及污染水体治理、污染土壤的治理与修复等环境工程净化的原理。

环境工程微生物学的研究内容涵盖微生物对不同物质转化的作用与机理，以及微生物对环境质量的影响。该学科还研究微生物对污染物质的降解与转化，以及修复、改善环境的作用和规律。此外，环境工程微生物学还探索了微生物在环境工程中的应用，特别是如何利用微生物开展废水及有机固体废物等的处理。另一方面，该学科也研究了微生物对环境的污染与破坏，以及由此导致的环境质量下降的作用和规律。此外，环境工程微生物学还利用微生物作为环境监测的指标和手段，如通过测定细菌总数和大肠菌群等。

微生物在自然界中具有丰富的多样性和重要的生物降解作用，是维持生态平衡的关键成分。在人类生活中，许多微生物有着广泛的应用，如酿酒、制作酱醋、发酵工业生产等多种领域。随着环境污染问题的日益突出，微生物在污染治理方面的重要性也越来越受到重视。微生物能够快速适应不同的污染物，并且在适当的条件下可以将几乎所有有机污染物转化为无机化合物。因此，环境工程微生物学在废水、废气与固体废物的生物处理中发挥了重要作用。

虽然大多数微生物对人类有益，但也有一些微生物会带来危害。例如，某些病原菌会引起人体疾病，如肝炎、沙眼、肠道病等。此外，某些微生物也会引起农作物病害和动物疾病。在工业生产中，微生物的不当活动也可能导致经济损失，如噬菌体感染引起的发酵工业倒罐事件。还有一些微生物会产生不利于环境的副产物，如硫细菌和铁细菌会导致管道腐蚀，某些藻类则可能引发湖泊“水华”和海洋“赤潮”。

环境工程微生物学随着工业生产和环境保护的需求不断发展。新的污染物不断出现，促进了微生物的变异和多样性，同时也为微生物的应用提供了更多的可能性。例如，日本研究人员发现了一种可用于处理二氧化锰废电池的锰氧化菌，有望实现废弃物的循环利用。此外，微生物代谢产物也被开发用于水处理，以提高处理效率。