中国针灸学会科学技术奖分为基础研究奖和临床应用研究奖两个类别。奖项评选过程包括推荐、评审和颁奖三个阶段，遵循公开、公平、公正的原则。对于符合条件的项目，由奖励办公室进行初步审查，随后提交至评审委员会进行初审和终审。评审通过无记名投票表决的方式进行，最终获奖名单经过奖励委员会审议后公布。终审环节将对初审建议颁发
一等奖的项目进行答辩，并采用差额制确定获奖者。奖项设有
特等奖、一等奖、
二等奖、
三等奖四个级别，每两年评审并颁发一次。
2006年的首届
中国针灸学会科学技术奖是由中国针灸学会与香港东华三院联合举办的，目的是为了激励在中医针灸科学领域有杰出贡献的团队和个人。