2014年12月，在南京重大路桥建设指挥部基础上改组成立南京市公共工程建设中心（简称“市公建中心”），原南京市交通建设处整建制划入，为市政府直属正局级事业单位，公益一类，于2016年5月挂牌运行。
市公建中心主要职能包括市域范围内过江桥梁（隧道）项目、新建国道干线公路、高速公路及综合交通枢纽项目、社会事业领域政府投资项目的建设组织工作等。市公建中心内设机构12个处室：综合处、计划处、合约处、工程技术处、桥隧工程一处、桥隧工程二处、
建筑工程处、交通建设一处、交通建设二处、质量安全处、财务处、人事处。另按有关规定设立党的工作机构和
纪检监察机构。
市公建中心主要职能包括市域范围内过江桥梁（隧道）项目、新建国道干线公路、高速公路及综合交通枢纽项目、社会事业领域政府投资项目的建设组织工作等。市公建中心内设机构12个处室：综合处、计划处、合约处、工程技术处、桥隧工程一处、桥隧工程二处、建筑工程处、交通建设一处、交通建设二处、质量安全处、财务处、人事处。另按有关规定设立党的工作机构和纪检监察机构。