1955年，马公市市民吴顺发等人监于信徒没有固定礼佛道场，遂聘请左营元庆寺住持永繁法师来澎湖传教，并发起筹建寺院及雕镌佛像劝募基金。後来吴居士因故离开筹建组织，自行在红木埕三宫殿後方丘地上兴建菩提寺。

1966年，寺院完工，并供奉释迦牟尼、药师佛、阿弥陀佛等。寺院落成後，在第1次信徒大会中推选许丙辰担任首任管理人兼住持：吴居士则在捐地兴建寺院心愿完成後功成身退。後接任管理者为薛妹，再由传芳法师(俗名林爱琴)担任住持至今。

[寺庙建筑]

菩提寺依山坡建筑，须拾级而上，寺前有一对铜雕小象对面立镇守；大殿原供奉释迦牟尼佛，整修重塑三宝佛，摩诃迦叶、阿难陀侍立左右：两边壁上分别嵌有阿弥陀佛接引像各52尊；韦驮、伽蓝护法分立殿口两侧：寺门则浮雕散花织女及四大天王，神情庄严：寺壁尚彩绘飞天仙女；右殿供奉观音菩萨，左殿供奉地藏菩萨。另寺右侧大楼则为法师生活起居之所在。

[弘法、文教]

目前寺内传芳等比丘尼2人，随绿度日，平凡实地做个修行人。每日率众早晚课诵外，於佛菩萨节日始举办法会庆祝活动。