南方科技大学化学系是南方科技大学理学院下设的，以培养具备坚实数理基础、系统化学知识，同时掌握丰富的化学实验技能，了解当前化学前沿的全面科技人才为核心的教育科研单位。
南方科技大学化学系现有二级学科
无机化学、有机化学、
物理化学和
分析化学，研究方向涵盖新医药、新材料与能源、化学生物学、物理化学、高分子化学与物理、理论计算等多个领域。化学学科仅用7年时间就实现身ESI全球前1%，是艾瑞深中国校友网学科排名五星级学科，自然指数排名全国第28位。到2018年，以
南方科技大学为通讯作者身份在 Science，Nat. Chem.， J. Am. Chem. Soc.，Angew. Chem. Int. Ed.等国际期刊上发表重要论文200余篇。
化学系现有35名专职教师，其中包括2名中科院院士（
杨学明，
唐勇），1名
澳大利亚外籍院士（
刘科），4名南科杰出学者，4名“杰青”，12名南科杰出青年学者，1名青年长江学者，2名优青，1名万人计划，人才项目比例高达80%。
中国第一个以
诺贝尔奖得主命名的研究院-深圳格拉布斯研究院也是由化学系部分骨干科研力量为主体建立，由
诺贝尔化学奖得主罗伯特.H.格拉布斯教授任名誉院长，由化学系系主任
郑智平教授任执行院长。研究院定位于建设世界顶尖研究机构，围绕精准
催化这个战略前沿领域和中心课题，引进多名中美院士及其团队，在小分子催化和大分子材料领域开展基础前沿理论与产业化研究。
为了让同学们对化妆品有更深入的认识，一门“科普”取向的课程——化妆品化学与配方，在化学系三位美女教师
汪君，
房芳和于月娜的带领下应运而生。
课程分为理论和实践两个部分，理论课侧重于对化妆品体系和各类功效成分的分析，而实践课则可以由各位同学亲自动手制作一些常见的化妆品。同学们已经在实验课上制作了面霜、口红、香薰、精华和洁面等多种产品，这些产品都是各位同学在日常生活中可以使用的产品。
化学系具备优良的实验教学条件，组建了由多名教学经验丰富的教授、工程师、实验员组成的实验教学团队。由
无机化学、
分析化学、有机化学、
物理化学、仪器分析实验五门基础课实验室和高级仪器研发、高分子化学实验等实验室组成的教学实验中心。拥有原子吸收
光谱仪、紫外
可见光光谱仪、红外光谱仪、荧光光谱仪、扫描电化学显微镜、高效液相色谱、凝胶色谱、
气相色谱等实验仪器，除了开展相关实验课外，还能够支持学生进行自主学习创新。