清河清真寺始建于清
康熙，最初建在清河桥南；因地势低洼，穆民礼拜多有不便，在清
光绪二十七年（公元1901年）迁建桥北；于清光绪二十九年三月（公元1903年）建成。落成后的清真寺，主体建筑为四合院布局，有大门、二门、大殿、讲堂、厢房和水房等。此后，又历经1940年和1995年两次大修。2012年9月清真寺西扩重建，2014年5月竣工，10月启用，建筑面积4700平方米，总投资2000万元，主要由寺院和自养房两大部分组成。自养房是具有现代风格的三层楼房，寺院是宫廷式仿古建筑格局，清真寺保持和承袭了中国传统寺院礼序形制。
清河清真寺最早修建在原清河大桥南端。因桥南低洼积水，
光绪六年（公元1881年）迁建桥北。原寺院拥有房产、土地现已无从考证。但一九五一年北京市颁发的《土地房产所有证》统计：清河清真寺房产五十五间，占地三亩九分一厘一毫（约合2607平方米）；土地共四段：五拨子十四亩二分（约合9467平方米）、安宁庄大道四亩二分二厘九毫（约合2819平方米）、清
河北省四亩一分七厘（约合2780平方米）、朱房十亩零七厘五毫（约合6717平方米）。
文化大革命期间清真寺被迫关闭。直至文化大革命结束、清真寺得到了恢复；恢复后的清真寺只剩下了房产部分。现清真寺由寺院（东南）、出租房（西）和仓库（北）等三个主体组成；占地面积为2600多平方米。
寺院建筑典雅、清新、错落有致，环境宁静、肃穆；有大门、二门、大殿、重檐六角望月亭、水房子和南北讲堂等，均为中国宫殿式建筑风格；经过前辈们的辛苦努力的维护和多次维修，现寺院还保持着北京传统的四合院风格。