呼吸孔最初是在颚弓与舌弓之间形成的第一个鳃裂的遗迹。对于鳐类而言，这种结构与它们的底层生活习性密切相关，因为它们可以通过呼吸孔将水引入体内以供呼吸之用。然而，对于一般
脊椎动物来说，这些鳃裂并不直接与外部环境相通。在
两栖动物的无尾类和
羊膜动物中，这些鳃裂会发展成鼓室和尤氏管。
在
两栖纲无尾类的幼体阶段，即
蝌蚪时期，它们的鳃盖后缘大部分与腹部皮肤融合，只在左侧身体侧面留下一个小孔，类似于鳃裂。这个小孔允许水流出，因此也被称为出水孔或呼吸孔。在
变态过程中，左侧前肢会穿过这个孔伸出来，而右侧前肢则是通过鳃盖新产生的孔伸出。
在苔藓植物的叶状体中，有一种组织构成了气室的表皮开口。这种组织由四个孔道
细胞组成，位于气室
六边形区域的中心。在横向切片中，孔道细胞呈现出四层叠加的形状，类似酒杯。值得注意的是，这种结构不同于
种子植物的气孔，它是始终开放的，不会像气孔那样开合变化。