恩格勒分类系统是由
德国植物学家恩格勒（A. Engler）及其同事柏兰特（R. Prantl）在1897年的《植物自然分科志》中提出的，这是历史上首个较为完善的自然分类系统。
恩格勒分类系统将植物划分为13个门，其中前12个门属于
孢子植物，第13个门即
种子植物，又称为有管有胚植物或显花植物。种子植物门下分为裸子植物亚门和
被子植物门。具体分类纲要如下：
- 裸子植物亚门：包含6个纲，分别为科得狄纲、本内
苏铁纲、苏铁纲、
银杏纲、
松柏门和
买麻藤纲。
-
双子叶植物纲：由2个
亚纲组成，分别是
离瓣花亚纲（离瓣花亚纲）和
合瓣花亚纲（合瓣花亚纲）。前者包含33个目，202个科，后者则有11个目，57个科。
恩格勒分类系统的建立基于假花说的原则，该原则认为无花瓣、
单性花、风媒授粉以及木本特性是原始特征，而具有花瓣、
两性花、虫媒授粉则是进化特征。因此，恩格勒将柔荑花序类植物视为
被子植物门中最原始的类型，而将
木兰科、
毛茛科等归为较进化的类型。1964年，《植物分科志要》第12版对原有系统进行了修订，将单子叶植物纲移至
双子叶植物纲之后，并将植物界分为17个门。此外，被子植物独立成为一个门，目和科也有所调整，最终形成2个纲，62个目，344个科。这一系统在全球范围内产生了广泛的影响。在中国，许多植物研究机构和高校生物系标本馆以及出版的分类学著作均采用恩格勒分类系统第11版的排列方式，如《
中国植物志》、《秦岭植物志》、《内蒙古植物志》、《河北植物志》和《
北京植物志》等。