腰堡乡名源于驻地村名。
清代乾隆初年（1736年）设有水师营。腰堡村形成村落时位于大堡和水师营两屯之间，故称“腰堡”。清末，属呼兰府河东第一区。
中华民国时期，隶属方台乡。东北沦陷后，设蒙古图保，后设腰堡村。1945年“九三”抗日战争胜利后，初隶方台区，1947年改隶双井区，后改第九区。1956年3月并村划乡，设置呼口、腰堡两个乡。1958年9月，分属
呼兰镇和西沈人民公社。1961年5月，分设腰堡公社。1984年3月，政社分开，改为腰堡乡。
腰堡乡地处
呼兰河与
松花江汇合处，地势平坦。全乡总面积153平方公里，有耕地7．4万亩，水田面积居全县第三位。1990年水产品产量370吨，居全县之首。乡办工业有农机厂、砖厂等，1992年乡企总产值2690万元。全乡共辖腰堡、兰河、呼口、东岗、
北洋水师、三家、大堡、蒙古、永丰、陈排、靠山、张堡、永利等13个村。1991年末全乡总人口2．57万人，其中满、回、蒙古、
朝鲜等少数民族人口约占5．7%。乡政府驻地腰堡村。