甘肃省市场监督管理局是根据《甘肃省机构改革方案》，将省工商行政管理局、省质量技术监督局、省食品药品监督管理局的职责，省发展和改革委员会的价格监督检查与价格垄断行为查处职责，省商务厅的对经营者集中行为进行反垄断调查职责，省知识产权局的专利管理职责等整合组建，作为省政府直属机构，加挂省食品安全委员会办公室、省知识产权局牌子。省食品安全委员会的具体工作由省市场监督管理局承担。

组建省药品监督管理局，作为省市场监督管理局的部门管理机构。

2018年10月31日，甘肃省市场监督管理局正式挂牌。

2020年2月，甘肃省市场监督管理局商标专利监督管理处被甘肃省人力资源和社会保障厅、甘肃省妇女联合会授予“甘肃省巾帼文明岗”、登记注册局被甘肃省人力资源和社会保障厅、甘肃省妇女联合会授予“甘肃省巾帼建功先进集体”称号。

2020年11月，被评为第六届全国文明单位。

2021年4月，甘肃省委、省政府决定，授予甘肃省市场监管局食品流通监督管理处“甘肃省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。