《赤水玄珠》全称《赤水玄珠全集》，又名《孙氏医书三种》，孙一奎撰。刊于
万历十二年（1584)。现存刻本有明副本、四库全书本、1914年上海著易堂书局铅印本、1986年
人民卫生出版社点校本等10多种。
全书共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76门，论述内外妇儿各科病症，每门再条分缕析，分述因、证、治方、附诸家治验。本书以明证为主，广辑《
黄帝内经》及其后170劝余种医著，结合自己经验，编撰成书。
《
医旨绪余》2卷，为《赤水玄珠》续编。上卷44篇，下卷26篇。集诸家之说，辩论脏腑、气血、经络、腧穴。阐述太极、阴阳、五行，解释命门、相火、三焦之意。对前代诸家学说，评述较为公允。
《孙氏医案》又名《
孙文垣医案》，5卷。由子泰来、明来及门人
余煌等整理而成。按孙氏行医地区顺序编写，分《三吴治验》2卷、《新都治验》2卷、《宜兴治验》1卷。共集医案300多例，各案以时间为序，少叙医理，多论证治，与前两书相辅相成。