胡安娜三世（1528年11月16日－1572年6月9日），是1555年至1572年期间纳瓦拉王国的女王。她与旺多姆公爵安托万·德·波旁结婚，并生下了波旁的亨利——未来的纳瓦拉王国国王亨利三世与首位波旁王朝法国国王亨利四世。胡安娜三世是法国胡格诺运动的精神和政治领袖，也是法国宗教战争的关键人物。

神圣罗马皇帝查理五世曾提议让胡安娜和他的继承人腓力（后来的腓力二世）结婚，以巩固自己在纳瓦拉的统治。

1541年在舅舅法兰西国王弗朗索瓦一世的政治考量下，她被安排同于利希-克里维斯-贝格公爵威廉五世结婚，他是亨利八世前妻克里维斯的安妮的弟弟；但是胡安娜坚持反对这场婚姻，甚至在结婚典礼时被安内强制抬进去参加仪式。在结婚前，她指示两位她的臣子签署两份文件，表明这场婚姻违背她的意愿，并且将来也不会让步。四年后，威廉和皇帝达成和议，废止和法兰西的同盟并得到海尔德公国，同时以胡安娜被强迫结婚为由宣布和她的婚姻无效。

弗朗索瓦一世在1547年过世。1548年，胡安娜再嫁给旺多姆公爵安托万·德·波旁。1555年她继承了父亲的纳瓦拉王国王位。

当1559年法国与西班牙的和平条约签订后，大量操法语的加尔文宗传教士，从日内瓦来到法国传教，迅速产生了一大批被称为“胡格诺派”的法国新教徒。胡安娜保护她辖下的胡格诺臣民，1560年自己也皈依了新教，并感化其丈夫安托万一同成为胡格诺。安托万很快被视为新教徒的领导人之一（实际发挥领导功效的是安托万之弟──刚强的孔代亲王路易一世·德·波旁）。

但是，个性摇摆且爱慕虚荣的安托万不久被王室及天主教狂热派领袖吉斯家族收买，转而反对自己的家庭和胡格诺派（胡安娜被迫逃离丈夫），结果在1562年的鲁昂围攻时中流弹死亡。胡安娜成为寡妇之后，立刻下令在王国内驱逐天主教神父、禁止在贝阿恩举行天主教仪式。面对教皇的威胁，她毫不妥协，并挫败了好几次阴谋与叛乱，譬如教皇曾计画将胡安娜绑架到并转送到西班牙的宗教裁判所囚禁；之后又宣布没收她的领地财产、主张纳瓦拉王国可被任何人侵略并统治，以消灭“异端”的胡安娜（幸好以上宣布受到法王查理九世及王太后凯瑟琳·德·梅第奇的抵制而无效）。1567年她颁布一项法令，在纳瓦拉王国确立了加尔文宗信仰。

1568年，她决心联合拉罗歇尔的新教徒并带著家人前往拉罗歇尔避难，成功将拉罗歇尔打造为新教徒的大本营，而自己则为其中的灵魂人物。她同时将一支由加斯科涅人和贝阿恩人组成的四千军队派往夏朗顿，并将自己年仅14岁的儿子亨利派往前线，作为小叔孔代亲王路易一世·德·波旁的助手；在部队临行前，她亲手替儿子整理戎装。1569年孔代战死后，亨利与孔代之子被确认为新教军的合法领袖。

1570年给予胡格诺重大优待的圣日耳曼和约签订后，她应王太后凯瑟琳·德·梅第奇的邀请前往宫廷谈判，为的是她儿子亨利将与国王查理九世的妹妹玛格丽特公主结婚，以此政治婚姻作为和约的条件之一。1572年2月到达巴黎之后，胡安娜病倒了，6月9日去世，享年45岁。