慈圣庵始建于明万历二十一年（公元1593年），由无穷禅师所创。寺内珍藏着万历皇帝母亲慈圣皇太后御赐的经书、袈裟以及供奉器具。由于这些文物的存在，慈圣庵因此得名。清朝时期，慈圣庵曾经历扩建。然而到了民国初年，由于建筑破损严重，于1932年被拆毁。1940年，在能海法师的募捐支持下，慈圣庵得以重建。能海法师在1956年新成立的峨眉山佛教协会中担任名誉会长。中华人民共和国成立后，慈圣庵经过多次修复，焕然一新。“文化大革命”期间，僧侣被迫离开，寺庙一度无人管理，直至2000年归还给
峨眉山佛教协会管理。2001年，峨眉山佛教协会对慈圣庵进行全面维修，包括殿宇整修和佛像重塑，形成了现今的规模。
在“文化大革命”期间，僧人被迫离寺，慈圣庵无人管理，村民长期占用。直到2000年，慈圣庵才交还给峨眉山佛教协会管理。随后，峨眉山佛教协会对其进行了全面维修，包括整修殿堂和重塑佛像，使慈圣庵恢复了原有的风貌。