内蒙古大学研究生院历史可追溯到1962年。1978年恢复研究生招生后，1984年获博士学位授予权。研究生管理机构源于1978年成立的内蒙古大学研究生办公室，1988年成立研究生处，2001年3月成立研究生院（筹），2010年正式成立研究生院。现有12个博士学位授权一级学科、另有1个博士学位授权二级学科，27个硕士学位授权一级学科、另有4个硕士学位授权二级学科，10个硕士专业学位授权类别（其中工程硕士含7个领域），7个
博士后科研流动站。博士硕士学位授权学科涵盖哲学、
经济学、法学、文学、
历史学、理学、工学、
农学、
管理学、艺术学等10个学科门类。学校拥有
中国少数民族语言文学、
动物界2个
国家重点学科，
生态学1个国家重点培育学科；有18个自治区重点学科、8个自治区重点培育学科。设有
省部共建大学草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室，蒙古学中心教育部人文社会科学重点研究基地，另有自治区重点实验室、工程技术研究中心、人文社会科学重点研究基地等40个（科技类32个,人文社科类8个）。在2017年
教育部学位与研究生教育发展中心组织的全国第四轮学科评估中，
民族学、中国语言文学、生物学、生态学排名进入全国前30%。
内蒙古大学全校占地面积4772亩，
建筑面积97.9万平方米，教学科研仪器设备总值9.31亿元。其中，校本部占地面积1845亩，建筑面积61.18万平方米，教学科研仪器设备总值7.57亿元。
1978年恢复研究生招生后，经过30年的奋斗，内蒙古大学研究生院拥有一支品德高尚、治学严谨、水平较高的研究生导师队伍，现有
中国工程院院士1人，双聘院士5人，国务院学位委员会学科评议组成员3人，
教育部高等学校教学指导委员会委员11人；教育部高等学校教学指导委员会委员11人、教育部社会科学委员会委员1人、教育部科学技术委员会委员1人、
中华人民共和国教育部科学技术委员会学部委员1人，教育部学科发展与专业设置专家委员会委员1人，国家和自治区有突出贡献中青年专家46人，教育部
长江学者1人，入选国家“百千万人才工程”5人、教育部“新世纪优秀人才支持计划”7人、“全国杰出专业技术人才”2人。有1个教育部“长江学者和创新团队发展计划”研究团队；1个实验室获得“全国专业技术人才先进集体”。享受国务院政府特殊津贴专家72人，被确定为国家和自治区有突出贡献的中青年专家40人；入选国家“百千万人才工程”3人、入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”4人。博士生导师126人，硕士生导师467人。
学校拥有
中国少数民族语言文学、
动物界2个
国家重点学科，
生态学1个国家重点培育学科；有18个自治区重点学科、8个自治区重点培育学科。有12个博士学位授权一级学科、另有1个博士学位授权二级学科，27个硕士学位授权一级学科、另有4个硕士学位授权二级学科，10个硕士专业学位授权类别（其中工程硕士含7个工程领域），7个
博士后科研流动站。
学校是国家教育部批准的国家级大学生创新性实验计划学校、创新创业训练计划学校和全国首批深化创新创业教育改革示范高校。现设有90个本科专业，有100个本科教学实验室、58个校内外教学实习实训基地。现有4个国家级
基础科学研究和教学人才培养基地、1个
国家大学生文化素质教育基地、1个国家西部卓越基层法律人才培养基地，1个国家专业综合改革试点，2个国家级人才培养模式创新实验区，8个国家级特色专业，2个国家级实验教学示范中心，2个国家大学生校外实践教育基地，6门国家级精品课、3门国家级精品资源共享课、7门国家级精品视频公开课、2门国家级双语教学示范课、1门来华留学英语授课品牌课程，4个国家级教学团队。
图书馆是CALIS（
中国高等教育文献保障系统联合目录项目）B级成员馆、省级中心馆，全校印本文献383.18万册（其中，校本部293.66万册）、中外文数据库96个、电子图书410余万种、全文电子期刊4.6万种。
校园网覆盖全校教学科研单位和办公与生活区，校园网络中心是中国教育科研
计算机网内蒙古地区主节点。
内蒙古大学研究生创新能力提升项目-国（境）外交流项目实施方案（2018-2020）
内蒙古大学研究生院辛勤的劳动换来丰硕的成果。2004年第四届“
“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛”全国大学生创业计划竞赛，内蒙古大学研究生从各高校选送的100件参赛作品中脱颖而出，一举捧回金奖；2005年第九届“挑战杯”全国大学生课外学术科技竞赛，该校研究生两件作品进入全国终审决赛，成为和
北京大学、
复旦大学、
中国人民大学一起以2件作品的最高成绩打入决赛的4所高校之一，荣获
一等奖；2006年，数学系研究生在全国
中国大学生数学建模竞赛中荣获
三等奖；在全国第五届“挑战杯”创业计划大赛中，该校研究生《草原绿色即食菜肴食品》创业计划获得全国铜奖。