2000年取得教育学原理硕士学位授权点，2001年获准举办教育管理专业教育硕士项目。同年秋季，首次招收心理学专业本科生。2003年11月，教育系更名为教育科学学院。2018年，教育科学学院整合基础教育学院、教育信息技术学院资源，成立了新的内蒙古师范大学教育学院。

内蒙古师范大学教育科学学院下辖多个部门，包括教育学系、心理学系、学前教育学系和公共事业管理系四个系别，以及一所实验幼儿园。学院还设有学院办公室、教务办公室、团总支、学工办、研究生办公室等五个行政管理机构，以及资料室、心理科学文献资料中心、心理学基础实验室等三个教辅机构。此外，学院内还包括师大教育科学研究所、师大心理教育研究所等两个研究所。同时，学院还设立了内蒙古自治区民族教育研究中心和自治区职业资格心理咨询师培训中心等两个自治区级中心，并且自治区心理学会、自治区教育学研究会、自治区社会心理学会等机构均挂靠在此。

内蒙古师范大学教育科学学院拥有一支由79名教职工组成的团队，其中包括4名外聘教师和2名校聘教师。在编专任教师共66名，其中有36名为少数民族教职工。学院共有教授13人，副教授27人，高级职称教师占比达到61%。博士持有者20人，硕士持有者36人，博士或硕士学位持有者占教师总数的85%。学院拥有博士研究生导师5人，硕士研究生导师26人。学院注重蒙汉兼通教师的发展，从最初的一位教师发展至现今的14位，其中包含3名教授、8名硕士导师、2名博士和4名在读博士。