吴配基是高要县水坑乡人，是辛丑记名
御史吴桂丹之幼子（庶母所生）。是
吴大猷的
叔父，
清朝已丑科翰林授职
编修。配基自幼随父寓居京、津肄业。与兄长，留学德国，得博士学位归国，授职山东胶济铁路局工程师。讨袁时，应孙中山先生之召返粤，与滇军某部驻高要水坑吴家祠。其同事中有德国籍工程师和技术人员多人，并携来探矿器械，一次率队前往
鼎湖区的
安徽鸡笼山国家森林公园，在塘坳温家村小驻。其时，吴湛清亦随同参加革命，进行探采
矿石工作，当时采回矿苗标本不少。不久，他们开赴
广州市，会合
国民革命军李烈钧、李明扬等部，在广州某街一座楼房设立研制武器弹药机构。一次在同
德国工程师们研制炸弹时，发生意外爆炸，楼宇炸毁塌，配基当场牺牲，时年27岁，葬于广州黄花岗附近，立有碑志。