次年四月,
御史台称:“吕本奉职不谨慎,郊坛祭祀用的牲角不符合标准,
功臣庙损坏也未修缮。”于是下诏免去他的官职,罚他到功臣庙服劳役。不久,被释放并任命为北平按察司佥事。皇帝召见吕本以及同时被任命的杨基、
答禄与权,告诫他们说:“设立风宪之职,在于整肃纪纲,澄清吏治,并非专门处理刑名之事。你们前往履行职责,务必明白大体,不要效仿俗吏拘泥于规矩。善事即使小,不断去做,将会成就全德;过错即使小,不断积累,将会酿成大错。没看到高耸入云的楼台,是由一寸寸土堆积而成,燎原的大火是由一点小火苗发展起来的,能不谨慎吗!”吕本等人叩头受命。不久,吕本又多次升迁为
太常司卿。过了两年去世,没有儿子,皇帝赐葬于钟山之阴。