湖泊生态系统是由流域与水体生物群落、各种有机和
无机化合物物质之间的相互作用与演化产生的系统。它由水陆交错带与敞水区生物群落构成，具有多种功能，如调蓄、改善水质、提供
栖息地等。然而，湖泊生态系统易受
富营养化的影响而退化，导致服务功能受损。通过生态修复，可以将其从浊水状态恢复至清水
稳态。
湖泊生态系统的总面积约270万平方公里，占陆地生态系统面积的1.8%。在中国，湖泊数量众多，其中
长江中下游平原的淡水湖群最为显著，而西部则以青藏高原的咸水湖为主。湖泊的流动性差，溶氧含量低，环境容量有限，因此容易受到污染。
湖泊生态系统可分为九种主要类型，包括构造湖、
火口湖、堰塞湖、岩溶湖、
冰川湖、
风成湖、河成湖、
潟湖和潟湖。每种类型的湖泊都有其独特的形成原因和特征。湖泊生态系统的空间结构由水陆交错带和敞水区生物群落组成。水陆交错带有
湿生植物、
挺水植物、浮叶植物等，而敞水区可能包含沉水植物，形成水下森林景观。此外，还有浮游动植物、无脊椎动物、鱼类以及微生物等，共同构成了复杂的生态系统网络。
湖泊生态系统会因自然因素和
人类活动而发生变化并退化。
富营养化是中国湖泊生态系统退化的主要原因之一，会导致水体透明度降低，
生物多样性减少，水质恶化。