杭州市疾病预防控制中心的前身是始建于1953年5月的杭州市卫生防疫站，中心集疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务为一体，是实施政府疾病预防控制职能的财政全额拨款的公益一类事业机构。

（一）开展传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防控制工作；承担突发公共卫生事件应急处置工作。

（二）承担疫情及健康相关因素信息管理工作，开展疾病监测，承担公共卫生信息收集、报告、分析和评价工作。

（三）开展健康危害因素监测与干预，承担食源性、环境性等疾病、公众健康和营养状况监测评价以及流行病学调查工作，提出干预策略与措施。

（四）开展疾病病原菌检测、鉴定和物理化学因子检测、评价工作。

（五）开展健康教育与健康促进工作，开展疾病预防控制技术管理与应用研究指导。

（六）完成杭州市卫生健康委员会交办的其他任务。

设有传染病防治所、艾滋病性病防治所、结核病防治所、免疫预防所、慢性非传染病疾病防治所、健康危害因素监测所、健康教育所、卫生检验中心等8个业务科室，党政办公室、组织人事科、总务科、科学教育信息科等4个职能科室。

2020年9月29日，杭州市疾病预防控制中心卫生检验中心微生物检测组被授予“抗击新冠肺炎疫情全国三八红旗手集体”称号。

2020年11月，杭州市疾病预防控制中心党委获得“浙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体”“浙江省先进基层党组织”荣誉称号。