该剧讲述了民国初年，
泸州市境内，一代名酒江阳老窖经历风雨磨难，在酿酒人的传承与浴血奋战后，最终得以发扬光大的故事。
卢运强（邵兵饰）是拥有三百年明窖国宝的酿酒作坊万历窖老板的私生子，儿时因受正房的排挤而随其生母颠沛流离，远走他乡，直至成年后，因其生母去世，得以回到家乡，却发现家道中落，祖传的酿酒产业也已为他人所有。为了重整家业，卢运强改头换面，隐姓埋名，来到当时
江阳城内两大酿酒作坊天一坊和千古泉坊之一的千古泉坊打小工，并凭着自己的聪明智慧，赢得了酒坊老掌柜古天赐（
王虎城饰）的信任和器重，加上他身怀绝技，凭着祖传的酿酒工艺和早年在讲武堂练就的武功，几次救古家上下于水火，以至最终被古天赐提升为瓦片总管乃至入赘为婿，但古天赐万没想到，这一切都是卢运强卧薪尝胆，忍辱负重从而伺机夺回祖家产业的精心筹划。
此时江阳城内各酿酒作坊之间也正为争夺老窖市场而彼此明争暗斗，互不相让。天一坊乃官办作坊，掌柜的侯境如（关大心饰）为人奸诈狡猾，加上当地的封建势力，军阀官僚相互勾结，勾心斗角，使整个行业的矛盾日趋激化。而此时，日本人也对中国的老窖国宝虎视眈，并在
泸州市境内安插了隐藏很深的心腹，以监视当地酿酒业的动态，从而获得老窖秘方。他们勾结当地的汉奸走狗，伺机破坏，以便待机会成熟后，巧取豪夺，甚至妄图将整个国宝明窖移往东洋。
为了使老窖窖池这一国宝不至沦落日本人之手，为振兴和宏扬老窖这一民族产业，卢运强最终决定舍小家而保大家。他弃前嫌，抛开前辈恩怨，与江阳城内的爱国人士并肩作战，同仇敌忾，和当地的恶势力及
日本商业间谍展开了殊死斗争，几经生离死别血雨腥风，最终保住了历经三百年的国窖瑰宝，同时也为江阳老窖迎来了到
巴拿马共和国国际展览会一显品味的资格并最终获得
金牌，载誉归来。酒香不怕巷子深，江阳老窖从此名扬天下。
据制片人柳霄透露，虽然
郭宝昌这次在《酒巷深深》中只署名“导演”，但为了把该剧创作得更好，郭宝昌实际上花了很大力气修改剧本，光第一集的本子就改了4稿。
马伊琍当初看完《酒巷深深》的剧本并不满意，差点要推掉，见到郭宝昌导演后才下定决心要接下这部戏。
朱媛媛接演
垂柳影前，为了能够胜任这个角色，她跟郭宝昌多次去看
川剧，补传统剧目。还专门拜川剧院的演员王亚玲为师，正式成为川剧弟子。
朱媛媛在剧演有一个被卖到妓院的情节，其中拍摄了她一个裸背的镜头，但这个镜头被
中国中央电视台要求删掉了。
该剧主要围绕三条主线展开：一为刘书隐姓埋名，卧薪尝胆，伺机实施复仇之路；一为江阳城两大酒坊间明争暗斗，尔虞我诈之恩恩怨怨；一为当地恶势力、军阀官僚和
日本特务等之间相互勾结，勾心斗角之丑事。可以看到，三条主线设计巧妙，结构严谨，你中有我，我中有你，该详则详，该略则略；而一直掺和其中的感情戏，更是铺排得当，收放自如，很好地起到了点缀和渲染的效果。虽然该剧只有二十集，但这才更彰显了该剧节奏跌宕紧凑而又富有
张力，叙事简洁干净而又不失丰满厚实的特质。
演员的精彩表演是该剧另一大亮点。剧中无论主配，不管男女，演技都非常出色。比如男一号“刘书”。这是一个非常具有难度的复杂性角色，
邵兵处理得不温不火，恰到好处。