历任兵部
主事、郎中，
山西省、
四川省道
监察御史，
抚州市知府、
南昌市知府等职。
太平军期间，吴祖昌曾上书清廷，陈述镇压太平天国，收复江南的策略十四条。任监察御史时，他不避权贵，曾检举揭发两广总督玩忽海疆以及广西藩司虚糜军饷，司防守不严等罪行。任抚州知府期间，注意修城壕，储仓谷，募勇丁，办书院。他还针对当地溺害女婴的陋习，设立专门机构收养弃儿，使不少女孩得以存活。
同治七年(1866年)，任南昌知府兼督粮道时，被称为
江西省循吏。不久，因母逝归乡终老。著有《三树堂诗文集》。