审计署派出机构自1986年起开始设置，旨在加强地方审计工作的领导。这些机构由审计署任命的局级干部担任审计特派员领导，他们根据审计署的授权开展审计监督活动，并直接向审计署报告。每个派出机构下设有办事处，处理具体的审计事务。设立条件包括具备合格的人才资源。

审计署派出机构的工作人员优先从当地调配，若当地无法提供足够的人员，则考虑从其他地区引进。派出机构所需的行政费用、事业费用以及开办费用均由财政部拨付。基础设施建设资金和统一分配的物资则由国家发展和改革委员会纳入规划予以解决。此外，相关省市人民政府还协助解决了派出机构的后勤保障问题。

审计署派出机构的设立遵循了有合格人才才设机构的原则。最初，审计署选择在上海、沈阳市、武汉市、广州市等城市及一些中央直属大型企业设立了审计特派员及其办事处。