国家家畜工程技术研究中心是1996年由科技部批准组建的国家级工程技术研究中心，依托单位为华中农业大学和湖北农业科学院畜牧兽医研究所。2000年10月通过国家评估验收。

内设综合管理部、工程技术设计研发部、中间试验产业开发部、市场经营技术服务部等四个部门。

综合管理部：处理中心的日常事务，协调各部门间的关系及对外的联络；负责中心的财务管理、人力资源管理、资产管理及档案管理等。

工程技术设计研发部： 负责家畜，特别是猪、牛、羊新品种（系）的选育与杂交配套研究，系列饲料产品研发与营养调控研究，规模化、自动化、智能化新型养殖配套技术研究，疫病监控与净化技术，环境调控与粪污无害化处理与资源化利用等工程化技术研究和系列新产品的研制与开发；引进技术及设备的消化、吸收和创新，畜舍建筑和技术改造项目的设计开发、工艺及环境设备配套，为产业开发部提供系列化中试产品和工程化配套技术。

中间试验产业开发部：组织规模化养殖工程技术和产品的中间试验、进行组装、配套、现场验证试验及批量生产部分中试产品，为市场经营部提供成熟的工程化技术和产品。

市场经营技术服务部：负责市场开发与调查，技术经济分析、市场策划、技术产品经营销售以及信息收集、反馈和售后服务；开展科技咨询、技术培训及国内外合作交流，承担有关产品检测分析任务，组织工程化研究项目的技术经济评估；负责饲料厂产学研与运营工作等。