宗教裁判的历史可以追溯至公元1184年的
罗马教廷"凡罗那会议"，该会议规定各地
主教应积极调查并报告异端分子。然而，由于主教事务繁忙，难以兼顾此事。当亚尔比异端在
法国南部扩散时，
教皇英诺森三世曾派遣特使前往指导转化工作，并授权特使逮捕和移交法庭审理拒不悔改者。亚尔比异端平息后，教廷特使继续负责异端者的审判。1233年，教皇
格列高利九世成立了专门应对异端和其他重大罪行如巫术的常设机构。方济会和多米尼克会
硕士接受了教皇的任务，建立了隶属于罗马教廷的调查局和特别法庭，不受当地主教管辖。
若站在如今的角度上看，这些裁判所在运行的过程中一定程度上触及了私刑、罪责定性和私自审判等行为。但如果站在中世纪人的视野中看，
教皇法庭的权威很大程度上是高于世俗法庭并独立于世俗体系之外的，因此很难说它是一种“私法”。反之，宗教法很可能是当时人们心目中的“公法”。因此，它并不遭受当时人们的厌烦。但当时某些地区的异端裁判允许没收被审判人的财产，这与纠正异端毫不相干。审判人还可能动用鞭笞、监禁和终身囚禁的方式限制受审判者的自由，若审判官一再劝告无果，受审判人最终还可能遭到最严重的火刑处罚。结合异端在中世纪的地位，布莱恩·蒂尔尼、西德尼·佩因特在两人合著的《
西欧中世纪史》一书
中将宗教裁判评价为“可以理解的罪恶”。