《薛氏医案十六种》是明代薛己撰著的一部医案医话类中医著作，初刊于明嘉靖八年（1529）。

本书系辑薛己及其父薛铠撰著校注医书，共十六种。其中薛己撰著者有《内科摘要》二卷，《外科枢要》四卷、《疠疡机要》三卷，《正体类要)--卷，《保婴粹要》及《口齿类要》等六种；薛己校注者有宋陈自明撰《妇人大全良方》二十四卷，明王纶编《明医杂著》六卷，宋陈自明撰《外科精要》三卷及家钱乙撰《钱氏小儿药证直诀》，元倪维德撰《原机启微》三卷，宋陈自明《女科撮要》二卷，宋陈文中撰《陈氏小儿痘疹方论》，宋钱己撰《保婴金镜录》，元社本撰《敖氏伤寒金镜录》等十种；另有薛铠撰著《保婴撮要》二十卷。

现存明崇祯元年（1628）三径草堂朱明刻本、日本承应三年（1654）武村市兵卫刻本、清顺治十四年（1657）鹤州草堂刻本及清乾隆、嘉庆年同刻本等。