海军省（日：かいぐんしょう）是公元1872年至公元1945年间大日本帝国（だいにっぽんていこく）海军的军事行政机关。

1872年（明治5年）2月，海军省根据太政官（だいじょうかん）第62号公告从兵部省（ひょうぶしょう）独立出来。当时军政与军令并未明确分开。大日本帝国宪法（だいにっぽんていこくけんぽう）实行后，军令由作为大日本帝国陆海军大元帅的天皇通过直属机构主管，海军省内主管军令的部分被参谋本部（さんぼうほんぶ）吸收，1893年，设置了海军军令部（ぐんれいぶ）作为海军的最高军令机关。海军省成为主管海军政策、军备、人事、教育等事务的机关，以军务局为中心。

海军省是内阁中的一个省，首长为由天皇任命的海军大臣。海军大臣的职责是海军的军政管理，不具有军令权，由现役的海军大将或中将担任。当逢海军裁军会议等重要事务，海军大臣需要长期离开国内时，由内阁总理大臣（ないかくそうりだいじん）兼任的临时海军大臣。

1945年（昭和20年）11月30日，海军省根据第680号敕令而废除，改为第二复员省（ だいにふくいんしょう）。第二复员省于1946年（昭和21年）6月被废除，原海军省的财产全部被大藏省（现在的财务省）处理。海军省资料的一部分被防卫省和厚生劳动省继承。

海军省的建筑物在东京千代田区霞关。由约西亚·康德尔设计，于1894年完成。在二战中受到损坏。战后，至1985年完全被拆除。原址上现在为农林水产省（のうりんすいさんしょう）本部办公楼（中央联合办公楼第1号馆）。

军务局，管理军备、服务、条约、礼仪等所有海军相关制度。

兵备局，1940年（昭和15年）11月15日设立。管理动员、战备、生产等战争执行计划。

军需局，1920年（大正9年）10月1日设立。管理装备研制、燃料、军需等。

人事局，1900年（明治天皇33年）5月20日由海军大臣官房人事课扩张而来。管理军人和文职人员的人事和保障。

教育局，1923年（大正12年）4月1日由外设机构海军教育本部缩编而来。管理海军军人的教育和对国民的宣传活动。

调度局（经理局），负责预算、决算的计划和执行，物资筹措，管理资金和贵重物品。

医务局，负责医疗研究和卫生管理。

法务局，负责维持海军军人的军纪，管理中华人民共和国军事法会议。

（直接隶属于海军大臣的机构）

海军将官会议

海军技术会议

海军舰政本部，1900年5月20日设立。管理舰船、兵器的开发、生产计划。

海军航空本部，1927年4月5日设立。管理航空器、航空技术的开发、生产、教育计划。

水路部，负责海图制作、海洋测量和海象气象天体的观测。

海军高等军法会议

海军东京军法会议

海军大学校

海军机关学校，1944年废止。

海军経理学校

海军军医学校

潜水艇部

特攻部

电波本部，1944年4月20日由技术研究所扩张而来。负责雷达和无线电事务。

施设本部，1941年8月1日由内设机构建筑部扩张而来。负责海军设施的设计和工事事务。

化兵战部，即防化部。

运输本部，1943年6月25日由运输部扩张而来。

紧急战备促进部

船舶救难本部，1944年12月30日设立。负责沉没、损伤船只的补充、修理计划以及船员救难。

练习联合航空总队

太政官时期海军卿

内阁时期海军大臣