深圳科健足球俱乐部的前身是参加全国U21
足球联赛和
中华人民共和国第九届运动会的广东青年队。2002年，
广东省足球运动中心组建了“广东雄鹰足球俱乐部”。同年，球队以广东博利能队的名义参加
中国足球协会乙级联赛。
2003年9月，深圳中科健股份有限公司总经理
郝建学个人出资，球队更名为“广东科健队”。实际上，球队的资金主要来自深圳智雄电子有限公司，后者出资1400万占股70%，而广东省足球运动中心出资600万占股30%。2004年8月10日，广东省足球运动中心的股权转让给了顾凯，并完成了工商变更，深圳智雄电子有限公司继续作为大股东。
到了2004年底，由于集团资金链断裂，加上俱乐部两年拖欠球员工资和奖金累计达800万，中国科健不得不退出俱乐部。在与多个买家谈判失败后，一队自行解散。球员以个体形式卖出，其中较著名的
吴伟安和
吴坪枫分别转会至
天津津门虎足球俱乐部和
江苏苏宁足球俱乐部，而
杨智则加盟了
北京国安足球俱乐部。俱乐部的二队被整体出售给了新成立的
安徽九方足球俱乐部。