早在七十年前(上世纪二十年代)，上水还是一个很遍远、很乡郊的地方。乡民纯朴，惟迷信之风甚盛。那些年，
香港特别行政区本土教会还在营建阶段，仍未发展本土宣教；以致，本土的宣教遂有赖外地宣教士努力开拓。当时，香港伦敦会
新界传道部有感于新界一带有很多” “未得之民”，故此，遂差派皮礼士牧师及威礼士牧师，到上水区一带开展布道工作。其时，先后于上水乡世光书室、石湖墟月学校，及罗湖合兰山等地传道，领人归主。当然，那些年，要让信奉祖先、民间神的村民信主，殊非易事；拓荒之难，可想而之。在宣教士努力及会众的协助之下，蒙上主祝福，教友才逐步逐步开始加增。先贤们考虑到教会未来的发展，遂于三十年代未期(约1937、38 年左右)，租用了上水石湖墟区所街九号二楼(今新康街 29 号)，成立了一所布道所。（这布道所就是我们上水堂的前身。）约于 1940 得本土李国康先生为本堂传道，并于 1941 年被中华基督教会香港区会(以下简称「区会」)接纳为「区助堂」 (是以上水堂的「历史」由这里作起点)。本来，有稳定的会址，有专职的传道，正是教会开始发展的好时机。可惜，时不与我，1941年12月，日军侵华，香港沦陷，是以上水堂堂务无奈全面终止！这是
香港特别行政区的大时代、大历史，我们上水堂正是身处其中，与香港人休戚与共！这就是「教会」，上主的教会从来不会抽离于人世间；教会，就是座落一方一处的教会，按地方、按环境、按群体，溯造了我们的教会、我们的福音及牧养工作！在香港重光之后，1949年初，会友陆续重返教会。那些年，我们借石湖墟龚子谦牧师住宅作为临时堂址，聚会才得已陆续恢复。同年 7 月，区会再度调派李国康先生担任本堂宣教师职，于 8 月组织及成立第一届堂会(首任主席为廖月衢弟兄)，确立了上水堂的自治之路！那些年日，资源人力等各方面都相当欠缺，着实发展不易。至于堂会迟迟未有着落，也影响了教会的发展。故此，约在年多以后(1951年1月1日)，堂会议决筹建新堂。议决既定，区会遂派卓浦民牧师驻居粉岭协助，本堂事工。在几番努力之下，终在 1953 年，廖日新先生(凤溪中学前校长)为了纪念其父亲廖寿彭蒙恩信主，便以三万八千元让出世光园予本堂(即现今马会道 23 号堂址)，至1956年启钥。同年，鉴于区内学前教育的欠缺，遂开办区第一所幼稚园，以回应区内需要。教会正欣欣向荣发展之际，却因产业权的问题，卒令当时堂主任李国康辞任，令人惋息！同年，区会差派李妙卿姑娘担任宣教师，至 1963 年7月李姑娘请辞前往
加拿大工作。之后，区会派罗国雄先生接任宣教师工作，白保罗牧师担任顾问。自1964至1973 年间，由区会调派何靖国先生接任宣教师工作(何宣教师于 1974 年移民美国)；此间，区会也分别差派 戴利群牧师、陈纯嘏牧师、周廷杰牧师等担任上水堂顾问及施行圣礼。虽然，宣教师历有兴替，但无碍教会之发展。在建制上，1966 年正式通过堂内的(第一份)典章。此外，弟兄姊妹在关怀的事上，也有好些美好的片段，留给后人回味细爵。1974 年，郑灵光到任本堂，以退休之身，承担宣教师主任职，并于一年后受区会按立为牧师。在郑牧师的带领下(1974 至 1981)，堂务续有发展。教会除了获政府批准为合法举行婚礼之场地外(1976 获批。1977年8月举行第一宗婚礼)，也落实了堂内自养的目标，这对于上水堂来说，又是一个新的里程！随着郑牧师年迈退下，自 1981年8月始，本堂遂聘任张福民牧师为本堂主任负责堂务，至1995年。在张福民牧师任内，曾分别聘任四位全职宣教师及一位半职宣教师。整个教牧队工加上堂内一众兄姊的努力，堂务再得着进一步的发展。在这段时期，上水堂第一任及第二任的执事，分别在 1986 年 10 月及 1991 年10月受按。第一任的执事分别为：余文英姊妹、李梁心懿姊妹、詹蒙恩弟兄。第二任的执事分别为：陈学伟弟兄、刘耀华弟兄、廖秉衡弟兄。以上数位执事，都是上水堂的资深长辈，为教会曾付上很多很多的努力。
信耶稣基督为赎罪之救主，为教会之基础，以基督天国普建于世界为目的。接纳旧新约圣经为上帝之言，由上帝默示而成，为吾人信仰及本份无上之准则。承认使徒信经堪以表示正宗教会共信之要道。