《游戏王5D's》漫画版是动画版《游戏王5D's》的平行世界故事，设定、人物性格等与动画版有诸多不同。编剧是《游戏王》全系列动画中专门负责写决斗剧本的编剧彦久保雅博，作画是高桥和希的徒弟之一佐藤雅史。

新童实野市，流行著使用被称为「D轮（D Wheel）」的摩托车型决斗盤决斗的「骑乘决斗（Riding Duel）」。不动游星与小弟伊集院瑟克特决斗的结果，瑟克特输了，都市传说「骸骨骑士」出现，掳走了瑟克特，不动游星用灵魂与其决斗後胜利，在送瑟克特就医的途中，遇到骑乘决斗的王者杰克‧阿特拉斯的挑战後落败。游星受邀参加D1飘移大奖赛GP，立志要打败杰克‧阿特拉斯…

漫画里的决斗龙的形象大部分来自动画里红龙带领的六条龙。