他利用在东方的良好关系，努力调解东西方教会纠纷，改善双方的关系，隶属于东方教会的
主教泰奥菲拉克塔斯(Theophylactus)自西西里迁往罗马时，引起当地人反动，幸蒙约翰六世保护，使得主教安然住下，没有遇到更多的麻烦。伦巴底人贝内文托(Benevento)公爵吉苏尔夫(Gisulfo)横越罗马领土南界向坎帕尼发动进攻，战事进行的很不顺利，士兵多人被俘，经约翰尼六世斡旋，俘虏被释，吉苏尔夫撤兵，维持了和平，705年新年刚过，约翰六世病死。约翰七世继位。约翰在其仅存的信中指示恢复约克的圣威尔夫里德(St. Wilfrid)
主教职务。