该院始建于1956年，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶橘泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院首个地方分院，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、三级甲等综合性中西医结合医院、南京中医药大学第三临床医学院、全国重点中西医结合医院，也是国家药物临床试验机构、国家住院医师规范化培训基地，同时还是国家中医应急医疗队、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、美国心脏协会（AHA）授权的专业急救技能培训基地。2011-2012年度被评为江苏省文明单位，并分别通过ISO9001和ISO15189ISO9001。国内首个中药注射剂脉络宁注射液，以及月月舒、乳康舒胶囊 等中药新药均由该院研发。2020年11月，江苏省中西医结合医院发热门诊被评为江苏省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶橘泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院首个地方分院，是我省专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是南京中医药大学附属中西医结合医院、第三临床医学院、全国重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构、国家中医住院医师规范化培训基地、国家中医应急救治医疗队、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、美国心脏协会（aha）授权的专业急救技能培训基地。2017年被纳入全国中医药传承创新工程省级中医药科研机构项目储备库，2018年成为第二批国家中医临床研究基地建设单位。

医疗科室

医技科室

医疗中心

2020年7月1日，江苏省中西医结合医院门诊第二党支部、机关第三党支部被中共江苏省卫生健康委员会直属机关委员会授予“2019—2020年度委直属机关先进基层党支部”称号。

2020年11月，被评为江苏省抗击新冠肺炎疫情先进集体。