本站位于
黄埔东路南侧的空地上，线路在该段的走向基本为东西走向。本站是
广州地铁13号线的车站，为地底车站，采用岛式站台。本站北面为黄埔东路，南边为
南海神庙，西边为庙头综合市场，东边为农业银行及农村信用合作社。
庙头站位于
黄埔区黄埔东路和电厂西路交叉口，全长266米，站位北面为黄埔东路，南边为南海神庙，西边为庙头综合市场，东边为农业银行及农村信用合作社，车站为地底二层岛式站台车站。设有三个出入口和一个紧急疏散出口。
据了解，庙头站位于
黄埔东路以南，为地底两层车站，主体建筑面积约1.09万平方米。车站开工以来，
深铁集团和参建各方积极协调，见缝插针、分步分块进行各项工作。由于车站施工范围内密布排水、给水、燃气、电力、通信等管线，部分埋深较深，管线迁改工作量大、难度高，特别是有一根直径1000毫米的
排水管埋深10.13米，位于车站基坑施工范围内，直接影响到车站围护结构和主体施工。为此，地铁集团与施工单位多次与区
建设局、城管局、街道办等部门和当地居民进行沟通，协助办理各项审批手续，优先安排人力物力说明管线单位进行改迁。
此外，十三号线庙头站位于黄埔大道与电厂西路交界，紧邻BRT庙头站，行人、车流密集。根据原施工方案，电厂西路需倒边施工，并在电厂西路上架设钢便桥进行交通疏解，钢便桥下进行基坑开挖作业。但由于电厂西路大型车辆通行频繁，该方案存在较大安全隐患。
深铁集团组织专家对施工方案进行了多轮优化，通过与交警部门积极沟通，缩小西端头场地围蔽，将电厂西路交通疏解整体移至庙头站西端，实现场地整体围蔽，既最大限度地减少了对市民的影响，也有效地节约了工期。
为了做好车站周边文物保护单位
南海神庙的保护工作，在专案设计阶段，地铁集团就委托文物考古勘探单位对庙头站及周边进行文物考古调查工作，还邀请文物保护专家对施工方案进行了优化，减少了有震动和爆破作业的施工，同时加强基坑监测，及时排除安全隐患。施工期间，南海神庙及车站周边建构筑物监测资料正常。