2021年，在全国游泳争霸赛中，以4分10秒02的成绩获得女子400米自由泳决赛第三名。9月，
中华人民共和国第十四届运动会游泳女子1500米自由泳名次公告，于卓萱排名第6位。 9月20日，在第十四届全运会女子400米自由泳决赛中，于卓萱获得第五名。
2023年3月，2023
全国春季游泳锦标赛21日进行女子400米自由泳决赛，于卓萱排名第5位。3月24日，2023全国春季游泳锦标赛女子800米自由泳（决赛快组）第5名。同日，
2023年全国春季游泳锦标赛在山东青岛落幕，由于卓萱等人组成的河北队摘得女子4x200米自由泳接力
金牌。 5月1日，2023
全国游泳冠军赛女子1500米自由泳决赛，于卓萱获得第五名。5月6日，2023
全国游泳冠军赛女子800米自由泳决赛，于卓萱获得第五名。 12月14日，
2023年全国游泳锦标赛暨多哈世锦赛选拔赛，由
刘子璇、
马永慧、
高唯中、
张可（预）、
张一璠（预）、于卓萱（预）联合
重庆市运动员
龚真琦、
辽宁省运动员李治锦（预）组成的冀辽渝队以7分58秒00摘得女子4X200米自由泳接力铜牌。