复旦大学生物医学研究院（Institutes of Biomedical Sciences），简称IBS，始建于2004年3月，是国家985二期工程建设的科技创新平台，位于
复旦大学枫林校区明道楼，拥有一流的导师、一流的科研条件和学术氛围，是培养
生物学与医学交叉型学科的科研基地。
复旦大学生物医学研究院还将与世界一流大学的著名实验室和
跨国公司的研发中心合作，聘请世界著名科学家领军挂帅，实行国际规范化管理模式。该院实行院长（兼首席科学家）负责制，国家973项目“人类重大疾病蛋白质组学”首席科学家
贺福初院士将担任院长。该院下设
基因组学、
蛋白质组学与
系统生物学、
发育生物学、
干细胞与组织工程、结构生物学与创新药物等5个研究所及肿瘤、
心血管疾病、传染病与
公共卫生3个研究中心。
研究院遵循“
章鱼模式”发展，建设人才聚集高地、领衔大项目高地和做一流研究高地。
国家973项目“人类重大疾病蛋白质组学”首席科学家
贺福初院士将担任院长。
生物医学研究院实行平台管理委员会领导下的首席科学家负责制，管理上遵循国际通用的PI管理模式。研究院配置了国际先进的科研设备，创建了独特的共享体制。机制上采用灵活的方式与各院系和
附属医院进行共建。
生物医学研究院是从事国际生物与医学交叉领域的基础研究、应用研究的科研实体。研究院将以国际生物医学的发展前沿为导向，以国家发展战略需求为动力，构建生物、
临床医学和
基础医学、
化学、信息、材料、物理、环境等多学科高度交叉的原创性研究基地，开展具有国际领先意识和创新思想的基础研究和应用研究。以国家中长期科技规划以及国家、
上海市的经济建设和社会发展设计组织项目申请和
团队建设为出发点，设立的主要研究方向包括：疾病
系统生物学、
出生缺陷与
发育生物学、疾病发生的分子机制、创新药物和结构生物学等。
研究院现拥有院士7名，PI(Principal Investigator，首席研究员)17人，双聘PI23人，研究人员20余名，
工程技术人员20余名。
目前已形成的研究团队包括：
肝癌研究团队，传染病研究团队，蛋白质组学研究团队，基因组的进化分析及其应用研究团队，
干细胞研究团队，分子细胞生物学研究团队，
表观遗传学团队，结构生物学团队，病理研究团队。
截至2008年底，
生物医学研究院全职人员和双聘人员共申请到国家和地方科研项目批准经费额度总计5.4344亿元，其中全聘人员（包括分时PI）共申请到1.2063亿元项目批准额度，双聘人员共申请到约4.2280亿元项目批准额度，到位经费总额约为1.1233亿元。
2008年12月底，发表署名含生物医学研究院的论文共有347篇,SCI论文311篇，总IF达1334.6，平均IF为4.3，研究论文大部分发表在跨学科的综合交叉的顶尖刊物上，包括Cell, Nat
药品, Nat Genetics, Nature Cell Biol，PNAS,以及一级/二级学科的权威刊物等。
据2019年2月学院官网显示，研究院成立至今，共发表SCI论文约1600篇，
影响因子大于20（含CNS刊物）的论文共计22篇。其中
表观遗传学团队在组蛋白修饰、非编码
核糖核酸、表观遗传调控研究、代谢和分子细胞生物学团队在乙化
蛋白质组及共代谢通路、代谢与肿瘤研究领域居于世界前列。2014年通过的国际评估被专家称为“相关领域的研究水平已经接近
美国顶级生物研究机构”。
现已拥有价值40万元以上的大型仪器19台，包括大型
质谱仪、测序仪、显微切割仪、
流式细胞仪、小动物活体成像仪、小动物超声、多功能
工作站、多功能
扫描仪、
脱氧核糖核酸合成仪等。通过开放共享的机制，研究院将为校内外
生物医学研究工作者提供高水平的
技术支持和服务。
复旦大学生物医学研究院位于
复旦大学枫林校区，拥有一流的导师、一流的科研条件和学术氛围，是培养
生物学与医学交叉型学科的研究生基地。研究院重点把我校
复旦大学上海医学院、
生命科学学院、化学系、药学院、
公共卫生学院及相关
附属医院等院系等有机地穿插在一起，在疾病蛋白质组学、化学生物学、
生物化学与
分子生物学、
肿瘤学、干细胞生物学、分子药理学等专业招收研究生。并且，吸纳海内外优秀博士毕业生以
博士后的身份参加相关研究团队的科研工作，在高水平科研工作中对青年科研骨干进行培养。