扬州市中级人民法院的前身为扬州地区中级人民法院，是专门负责解决纠纷的国家审判机关。

设有立案一庭，立案二庭、刑事审判一庭、刑事审判二庭、少年审判庭，民事审判一庭、民事审判二庭（商事审判庭）、民事审判三庭（知识产权审判庭）、行政庭，审判监督庭、执行局（实施处、裁决处、综合协调处），审判管理办公室、办公室、政治部（人事处、教育培训处、老干部处）、宣传处、研究室、纪检监察室、司法警察大队、司法改革办公室、行政装备处、司法鉴定处、法庭指导办公室、机关党委27个部门。

2004年4月，中国外商投资企业协会将“2003-2004年度知识产权保护最佳案例奖”授予扬州市中级人民法院。