1957年5月，龙溪军分区归福建省军区建制领导。司令员郭廷万，政治委员洪椰子（地委书记兼）。机关编160人。担负海防一线守备、边防、中国人民武装警察部队内卫部队和地方武装工作、兵役工作等任务。1985年10月，改称漳州军分区。

归省军区建制领导时，辖漳州市，龙溪县、海澄县、长泰区、漳浦、云霄县、平和、诏安县、南靖县、华安县、东山县等11个兵役局。1960年1月，龙溪、海澄两县人民武装部分别改编为漳州市、龙海县人民武装部(原漳州市兵役局机构系军分区兵役检查科兼)。1985年10月，漳州市人民武装部改称芗城区人民武装部。1986年6月改归地方建制时，漳州军分区辖龙海区等9个县和漳州市芗城区人民武装部。