中央特科作为中共的第一个政治保卫和情报特工机构，在中共党史上有特殊地位及影响。由于中央特科的高效率工作，尽管中共中央长期置身于上海这个国民政府的统治中心和外国势力有极强影响之地区，非但没有遭到毁灭性的打击，还能有效的指挥全国的共产党活动。
在中共中央迁入苏区，特科取消后，在中央苏区成立了国家政治保卫局，延续了中央特科的职能。随后在抗战时期先后成立了中共中央城市工作部，中共中央社会部，中共中央调查部等机构。中共在中国大陆取得政权后，在公安部下属成立政治保卫局，在1980年代又成立国家安全部作为政治保卫和情报机构。可以说，中央特科是中共以及中华人民共和国政治保卫和情报工作机构的始祖。
由于中央特科行动组，又称红队，打狗队，在
租界的武力活动。租界当局，工部局成立了一支特殊的应急警察分队来应对。这种城市应急警察分队模式，成为今日全世界各大城市普遍设立的特殊武器和战术小组，即SWAT的前身。
在机构设置上，特科共开设四个科：一科为总部，后来称总务科，科长洪扬生。该科主要负责中央机关的庶务工作。凡是中央召开的会议和设立的秘密机构及接头地点，都由一科负责。二科是情报科，科长陈赓。该科主要负责收集情报，掌握敌情。三科是行动科，科长由顾顺章兼任。该科负责抢救被捕同志，打击罪大恶极的叛徒。该科下面设有手枪、盒子枪武装的“红队”，也叫打“狗”队。其成员都是从上海工人中和各苏区红军中，选调一些机智勇敢、枪法最好的特等射手组成，专门负责打“狗”（镇压叛徒和
中国国民党特务）的工作。四科是交通科又称通讯联络科，科长李强。其任务是负责党中央同各根据地、红军和各省委的无线电台联系、水陆交通线的联系。
新建立的特科在周恩来的直接领导下，站在敌我军事政治斗争的第一线，做出了重大的贡献。特科成立不到两年，就已利用各种复杂人际关系“渗透”到了上海租界巡捕房、国民党上海市政府公安局、上海淞沪警备司令部、南京各国驻华使馆，以及国民党通讯社、地方法院和其他党政军机关，掌握了敌人致命的要害部门，截获了大量国民党核心机密。这些正如国民党人士后来所说：中央特科“在国民党特务机关建立内应”，“掌握了特务机关全盘活动机密，及时从中统最机密档案中得到共党叛徒、奸细活动的正确情报，不必费多大气力及时镇压，有时还能事先发现国特行动计划而做到先发制人”。