1934年冬，中国工农红军第一方面军开始长征，中共中央和中革军委决定留下一部分红军主力和军政干部，以开展游击战争的形式，掩护中央红军转移并争取保存部分根据地。福建省的闽西、闽南、南平市、闽东、闽中五块地区的中共武装成为三年游击战争的重要组成部分。该时期的红军游击队经历了一系列改编，以适应游击战争的需要，总体来说都保留着工农红军的称号，由于在第五次反“围剿”及后来的突围转移中减员严重，各部队实际人数往往与番号不相称。中共各级党组织、苏维埃政权破坏严重，无法对部队实行具体领导，故各部队番号多冠以“独立”的称号。

闽南（闽粤边）红军建立于1932年4月，当时在原有游击队的基础上成立了闽南红军独立第三团，团长冯异飞，共700余人。1935年4月，闽南红三团一个排与潮澄饶的红三大队合并改编为闽粤边支队，不久改称闽粤边独立营，营长卢胜，编为两个连，共200多人，直属于闽粤边特委。同时在厦门工委领导下的闽南工农红军游击第二、第三支队在安南永根据地活动，后来并入闽南红三团。

1935年11月，中共中央发表《为日本帝国主义并吞华北及蒋介石出卖华北出卖中国的宣言》，苏维埃中央政府、中革军委发表《抗日救国宣言》，标志着中共中央“抗日讨蒋”政策的确立。为了获取中间势力以及民众支持，对抗国民政府的“清剿”，福建省各红军游击队也喊出了抗日的口号，并进行了整编，改变了番号。闽南红军游击队整编为中国人民红军闽南抗日支队，各县独立营编为第一支队、闽南红三团编为第二支队、潮澄饶第一、二中队编为第五支队。特委还利用当地民众的抗日情绪，将当地一些民团、壮丁队组织为脱产的漳州人民抗日义勇军，总指挥何浚，共六百余人。

1937年2月，中国国民党五届三中全会接受中共提出的抗日民族统一战线政策，全国范围的抗日民族统一战线初步形成。中共中央在8月发布《关于南方各游击区域工作的指示》，指出各游击队可经谈判后改变番号与编制，未谈好前可自动改变番号为抗日义勇军等。日军开始轰炸金门县、厦门市，福建省局势空前紧张，这也促使了福建地方当局与红军武装进行和谈。1937年春，中共南方临时工作委员会指示闽粤边特委：中共中央已将“抗日反蒋”口号改为“联蒋抗日”、“以求国共合作”，要求闽粤边特委改变宣传口号，红军和游击队停止游击活动并改番号为民族自卫军或抗日讨贼军，在抗日行动中受粤军指挥。闽南党组织开始与粤军一五七师进行和谈，和谈期间闽南红三团改称闽粤边人民游击纵队，司令员何鸣，共1000余人。6月，闽粤边特委与粤军一五七师合作抗日问题达成协定，规定“红军一、三支队和抗日义勇军改为国民革命军，受一五七师指挥”。1937年7月1日，闽南抗日游击队各支队在平和小溪接受点编，改番号为福建省保安独立大队，共五600人，大队长何鸣，隶属于粤军第一五七师。

卢沟桥事变后，保安独立大队按照一五七师的命令开赴漳浦县，准备奔赴抗日前线。7月16日，一五七师以点名发饷和整训通知大队集中于漳浦大操场，后派兵包围并将大队全部缴械，共缴长枪300多支，短枪200多支，200多名指战员被监禁。制造了“漳浦事件”。当天晚上，近百名干部战士逃出，到达漳浦清泉岩重建红三团，下编一个连，卢胜任团长。1937年10月，重建的红三团改番号为闽南人民抗日义勇军第三支队，发展到300余人。鉴于“漳浦事件”的教训，中共中央于10月1日发出关于南方红军游击队集中改编方针的电文，强调“原则上不拒绝集中，但须由中央派人传达方针，中国国民党不得插入任何人”。并批评了游击队相关领导人“似还更不明白不应无条件集中而应保持南方战略支点的原则”。

1937年10月，中共中央与国民党政府达成协议，决定将南方八省的红军游击队改编为陆军新编第四军，国民政府军事委员会随后正式颁布改编新四军的命令。12月下旬，新四军军部在汉口成立，以叶挺为军长。项英为副军长。1938年1月，新四军军部命令闽西、闽南、闽赣红军游击队改编为新四军第二支队。2月，闽西各红军游击队、闽南人民抗日义勇军第三支队和汀瑞抗日支队相继到达龙岩白土进行改编。二支队司令部成立，张鼎丞任司令员，下辖第三团，团长黄火星，全团1400余人；第四团，团长卢胜，全团1300余人。3月1日，二支队离开白土，北上皖南抗日。