中国科学院城市环境研究所成立于2006年7月4日，中国科学院下属的事业法人单位，是专门从事城市环境综合研究的研究机构。

2006年6月29日，中国科学院和厦门市人民政府在厦门宾馆签署了共建“中国科学院城市环境研究所”备忘录。   7月4日，中国科学院城市环境研究所成立。   10月19-22日，城市环境研究所组织进行了2006年秋季博士生招生考试工作。   11月，城市环境研究所党组织成立并召开第一次全体党员大会。   11月18日，中国科学院城市环境研究所奠基典礼在厦门举行。

2007年3月9日，举行首届博士研究生入所教育活动。   6月，应亚太经济合作组织环境与可持续发展司的邀请，城市环境研究所崔胜辉博士代表赵景柱所长参加了亚太地区基础设施的可持续发展专家组会议。   7月13日-14日，城市环境研究所在漳州角美龙佳山庄召开第一次发展战略研讨会。

2008年4月7日，城市环境研究所与阿伯丁大学（University of Aberdeen）在英国驻华大使欧威廉（William Ehrman）爵士和苏格兰教育大臣希斯罗普（Fiona Hyslop）阁下的见证下签署了双方共建“中英联合环境技术研究所”的谅解备忘录。   11月20日，在城市环境研究所举行“中英联合环境技术研究所”揭牌仪式。

2009年1月，香港理工大学与城市环境研究所签署科技合作协议。   9月，通过人才队伍和科研活动与管理验收、通过科研装备、审计和财务管理专项验收、通过院基建项目竣工验收，与德国特里尔应用技术大学签订合作备忘录。   11月16日，依托于研究所的厦门市水环境安全与水质保障工程技术研究中心正式成立。

2010年3月，与香港浸会大学签署合作备忘录。   10月，研究所获评中科院基建工作先进单位。   11月，通过保密体系建设现场验收。

2011年4月，科研管理信息系统（ARP）通过中国科学院ARP项目验收专家组验收。   7月4日，研究所举行了“城市环境长期研究站厦门站”成立仪式。   10月，通过中科院干部人事档案检查验收、通过所级公共技术服务中心评估。

2012年1月11日，经中国科学院大学学位评定委员会批准，城市环境研究所成为“环境科学与工程”专业一级学科博士学位授予点，下设环境科学、环境工程、环境经济与环境管理3个二级学科博士点。   1月17日，被中共厦门市委市直机关工作委员会评为“2011年度厦门市直机关文明单位”。   9月25日，研究所分析测试中心顺利通过国家认监委专项检查。   8月29日，研究所环境科学与工程博士后科研流动站获人力资源与社会保障部、全国博士后管委会批准正式设立。

2013年2月，研究所获得中国科学院“信息化评估进步奖”荣誉称号。   5月19日，中共厦门市委宣传部、厦门市科学技术协会授予城市环境研究所“厦门市科普基地”称号并举行了授牌仪式。

2014年1月15日，经中国科学院大学学位评定委员会审议，城市环境研究所“生态学”一级学科博士培养点获批通过增列。   3月25日，被列为“福建省城市环境研究国际科技合作基地”。

2016年4月，与英国东英吉利大学合作谅解备忘录签署仪式、与青海师范大学签署战略合作协议。   6月，与马来西亚登嘉楼州大学签署双方合作备忘录。

1.面向国家城市化发展过程中的生态环境保护等重大战略需求，面向国际城市生态科学和环境科学与技术的发展前沿，在城市生态、环境与健康，城市物质能量代谢与绿色低碳发展技术，城市环境治理与废弃物资源化技术，城市规划与环境政策等领域，开展理论研究、技术研发、系统集成和工程示范。

2.建立符合科技创新规律的现代研究所制度，建立有利于重大科研成果产出与人才培养的管理机制，建立与区域创新体系各单元协同创新的有效方式，建立面向城市生态与环境科技发展的公共技术研发平台，成为区域创新体系的有机组成部分，提升区域自主创新能力，带动区域相关产业发展，培育新兴产业。

3.结合重大科技任务引进优秀人才，结合科技创新实践培养学术人才，结合知识转移与技术转化向社会输送技术人才，结合区域经济社会发展需求培训管理人才，成为城市环境与健康研究领域人才高地，成为区域创新创业人才培养高地。

1.城市生态健康与环境安全

(1)城市生态健康系统分析与监测；(2)城市环境复合污染机理与效应；(3)城市环境安全风险评价与预警；(4)城市环境分析技术与方法。

2.城市环境污染控制与资源化技术 

(1)城市水污染控制与资源化技术；(2) 城市土壤污染修复技术；(3)城市空气污染控制与资源化技术；(4)城市固体废弃物污染控制与资源化技术；(5)高效环境材料制备技术；(6)环境生物技术。

3.城市环境工程与循环经济

(1)城市环境污染控制工程与示范；(2)生态产业工程与示范；(3)城市生态环境技术集成与示范；(4)城市物质能量代谢与循环经济建设模式示范。

4.城市生态环境规划与管理

(1)城市环境与全球变化；(2)城市发展与城市安全；(3)城市智慧管理技术；(4)城市生态环境规划理论与技术；(5)城市绿色低碳发展规划理论与技术；(6)城市环境管理与政策。

外环：上半环为研究所的中文名称：中国科学院城市环境研究所；下半环为研究所的英文名称：INSTITUTE OF URBAN ENVIRONMENT CAS。

环内：环内由上、下两个图案组成。上面图案由3个英文大写字母I、U、E组合而成（IUE为城市环境研究所的英文缩写），上下左右四个方向分别表现了中原地区古代城墙不同的外观设计。下面图案是由两只手相互叠加合拢形成的树叶。树叶寓意生命和可持续性。树叶本身由上下两部分组成，分别由英文字母L和E演绎而成。L和E分别是研究所所训忠诚（Loyalty）、尽责（Endeavour）的英文缩写。

构成所徽的所有图案均为翠绿色，其他过渡部分和文字均为白色。

所徽庄重、简朴、生态。象征着中国科学院城市环境研究所及每个成员以“忠诚、尽责”的研究所所训精神，与社会各界“携手”共济，用大家智慧

忠诚尽责（Loyalty \u0026 Endeavor）

忠诚：对祖国的忠诚；对人民的忠诚；对事业的忠诚；对研究所的忠诚；对合作者的真诚；对同事的真诚。

尽责：尽责是“忠诚”对研究所每个成员的具体要求；尽责是研究所每个成员“忠诚”的具体体现；尽责寓意研究所全体及每个成员在创新理念的指导下，勤奋工作，不断取得创新成果。

中国科学院城市环境研究所研究生会以“团结一致，服务大众”为治会宗旨，设置主席团、办公室、学术部、文艺部、生活部、宣传部、体育部等部门，组织中国男子篮球职业联赛、兵乓球赛、羽毛球赛、足球赛、E论坛等人文系列讲座、科普宣传活动、周年庆典等文化活动。