万寿寺始建于宋代，明代进行了重修。寺庙位于
花岗石坡地之上，东、西两面山脉环绕，形成自然屏障。寺前方群山起伏，树木茂密，环境开阔宜人；而寺后方则有一口古井，无论雨水丰沛或干旱少雨，水位始终稳定，水质清冽甘美，被尊称为“阳明圣泉”。明朝嘉靖二十九年（1550年），秀峰禅师在此圆寂，明藩南渭王追封他为“七祖”，并将寺更名为“
万寿寺”，并亲自题写了“明山千古仰，活佛万家朝”的楹联。自那时起，万寿寺香火不断，成为当地重要的宗教场所。
万寿寺最初建有下殿、中殿、父母殿、祖师殿、观音阁以及供香客居住的房屋等建筑，总面积达3400平方米。然而，随着时间的推移，除了祖师殿外，其他殿堂均已损毁。近年来，阳明山国家森林公园管理局按照原有的建筑风格对这些损坏的殿堂进行了修复和重建工作。