长崎站位于
日本长崎县长崎市尾上町，为九州旅客铁道（JR九州）与日本货物铁道（JR货物）所共用的
铁路车站。
长崎市站是长崎本线的终点站，与规划兴建中的九州新干线西九州线（长崎新干线）之终点站。在长崎站前方马路中央的长崎站前电车站（长崎前电停），是隶属于长崎电气轨道的数条路面电车路线之主要交会点与和JR铁路线之间的转运车站。
由于JR货物所属的长崎货运站已不再有定期的货运列车班次行驶，因此在站内另行设置了长崎线外货运站（长崎オフレールステーション，简称为“长崎ORS”），每日有14班的公路货车班次，往返于长崎ORS与锅岛车站之间。