龟田郡成立于1869年8月15日,当时北海道设置了11国86郡,龟田郡隶属于渡岛国。1897年11月,北海道实施支厅制,龟田郡下辖的
函馆市区、大野村等多个村落隶属于龟田支厅和函馆支厅之管辖。
1899年10月1日,函馆区并入龟田村的部分区域,并改为自治区,同时废除函馆支厅,并将龟田支厅更名为函馆支厅。随后,龟田郡经历了多次村落合并与改制,以及与其他郡的村落合并或被并入函馆市的过程。
龟田郡的行政区划在其历史上经历了多次变更。最初,龟田郡下辖多个村落,但随着时间的推移,许多村落合并或改制为町,一些则被并入
函馆市或与其他郡的村落合并。最终,随着大野町与上磯郡上磯町合并为北斗市,龟田郡的行政区划发生了重大变化。