四川省中医药科学院为原四川省中医药研究院和四川省中药研究所按省政府[2005]253号文精神合并组建的公益性事业单位。原四川省中药研究所成立于1930年，是我国建立最早的、学科配套最全的中药专业研究机构。
研究机构包括：中药资源与种植研究所，中药
药学专业研究所，中药
药理学毒理研究所，中医药基础理论研究所，中医药文献信息研究所，实验动物中心，分析测试中心，肿瘤研究所，中医研究所，针灸研究所。
学会和刊物（三会二刊）包括：
四川省中医药学会，四川省中西医结合学会，四川省针灸学会，《
四川中医》编辑部，《
中药药理与临床》编辑部。
运用传统和现代科学方法，开展中医药基础理论及发展战略研究；合理开发我国
中国西南地区动植物药资源，进行川产道地药材、民族医药和创新中药的开发研究；开展中药品质评价和标准化研究；进行中医药防治常见病、多发病及重大疾病的临床研究。
1980年以来，该院先后承担各级各类科研课题500余项，共获
科技成果奖200余项，其中国家级、部省级以上获奖成果97项，厅局级100余项，在国内外公开刊物发表论文1000余篇，编辑出版中医药专著50余部。在创新药物研究方面，共获临床批件和新药证书60余项。现承担各级科研项目150余项，其中国家级20余项，省部级60余项，创新中药研发项目30余项。该院先后开发的新药及保健品包括：紫杉醇注射液、泰克吉宁注射液、穿琥宁注射液、甲基斑蟊胺片、
靛玉红片、火把花根片、
热毒平胶囊、风湿平胶囊、
强骨胶囊、益气增乳胶囊、芍甘多胶囊、痛风利灵胶囊、芪香益气
解毒胶囊、牙炎口服液、
金泽冠心片、玉泉丸、藏药亚玛众清胶囊、藏皮康霜、彝药彝肤软膏、青娜油降脂软胶囊、牦牛
多肽骨素胶囊、雄狮丸、
嫦娥佳丽丸等70余种。
与
日本、
美国、
德国、
瑞士、中国香港、中国台湾和中国澳门等20多个国家和地区的高等院校、科研单位及制药企业建立了长期的合作研究关系及人才交流机制。合作领域主要包括：川产道地药材的系统研究与新药开发，中药材的栽培技术研究，针灸国际培训与研究，美容护肤药用植物筛选研究等。
依托
四川省“中医之乡，中药之库”的人文、资源和技术优势，将四川省中医药科学院建成为“集中医、中药科学研究、开发、临床医疗于一体的技术指导中心”和“四川省中医药自主创新中心”；以“一体两翼”（科研为主体、临床医疗和产业为两翼）为发展思路，努力实现“西部领先、全国一流”的中医药科研强院的发展目标。