水上机场兴建于日据时期，时称嘉义飞行场。
第二次世界大战期间，日军在此驻有飞行联队。战后，这里成为台空军和
美国军队在台部队的基地之一。1976年5月19日，嘉义水上机场成立民航候机室，1995年11月，第二期航站楼完工启用，1996年，机场年营运量突破100万人次。2002年，嘉义机场通过ISO9001质量认证。2010年2月9日，机场完成航厦整修工程，2023年机场升等为乙种航空站。
嘉义水上机场拥有一条长度为3050米、宽45米的跑道，停机坪面积达11900平方米，提供3个停机位。机场配备完善的助航设备，包括跑道灯、滑行道灯、进场灯、NDB和ILS系统等。旅客年容量全年客运量222000人次。
嘉义水上机场位于嘉义县
水上乡、太保市与
嘉义市交界处，航空站出口位于嘉义县水上乡，距离嘉义市大约有8公里。
嘉义水上机场兴建于日据时期，当时由日本陆军所使用，时称嘉义飞行场。
第二次世界大战期间，日军在此驻有飞行联队，因此，嘉义飞行场亦曾遭受
美国军队空袭。战后，这里成为台空军和美军在台部队的基地之一。
1976年5月19日，嘉义水上机场成立民航候机室，开启了由
中华航空运营嘉义至
台北市航线的
民航运输服务。1990年1月1日，该机场升格为嘉义辅助站，随后多家航空公司相继进驻，分别开通了嘉义至台北、
台东县、澎湖等航线。1995年11月，第二期航厦完工启用，1996年机场年营运量突破100万人次。1997年11月1日，机场升格为丙种航空站，并于1999年3月启用36跑道的ILS系统。2002年嘉义机场通过ISO9001质量认证，随后在2004年18跑道启用了ILS系统。
2010年，机场完成航厦整修工程。
嘉义市机场还先后开通了嘉义至
静冈市、
浦东新区等国际包机航线，并于2015年成功举办空难灾害防救演习。2020年，受COVID-19疫情影响，嘉义至澎湖、
金门县等
离岛航线暂停，后于8月和9月分别恢复。机场不断提升基础设施和运营能力，参与多次灾害防救演习，2023年机场升等为乙种航空站。
本站分为内、外候机室两个区域外候机室分为旅客等候区、航空站办公室、航空公司柜台、服务台、贩卖部、公共电话、无线上网区、盥洗室、无障碍厕所、哺乳室等区域。内候机室为管制区域、供旅客经登机前查验后，暂时候机的区域。
2024年9月10日，台空军新竹基地一架幻影战机在新竹外海夜航训练失事，传出飞行员弹射逃生，台军方搜救机随即从嘉义机场起飞前往救援，“海巡署”派1舰4艇前往救援。当日晚上10时22分，台防务部门搜救机于北纬24-47.04、东经120-36.85处寻获飞行员，该飞行员意识清楚，已送新竹空军医院。