花莲县政府是中国台湾地区花莲县地方自治事项的最高行政机关，并执行中央机关委办事项。

在台湾地区政府架构中，为县级地方自治的行政机关。由于1998年台湾省政府业务精简（虚级化），台湾省不再是“地方自治法人”并改为台湾地区行政机构派出机关，因而花莲县地方自治事项改由台湾地区内政部作为监督机关。同时花莲县政府也是辖区内各乡、镇、县辖市的地方自治监督机关。