记者了解到，沪通铁路目前已敲定的有9个站，江苏境内分别是平东站、
南通西站、
张家港北站、张家港站常熟站、
太仓港站、
太仓站等7个站，
上海市境内有
安亭站、
黄渡站2个站。这其中，由于沪通铁路与规划中的
江苏南沿江城际铁路共用
张家港市至
安亭镇部分，所以在常熟还为沿海城际预留了常熟东站。另外，
太仓市也在争取再多设一个
太仓南站。最终的站点设置要待项目初步设计完成后才能出来。
从线路走向和站点设置就能看出，这条铁路直接受益者不仅是南通人，还包括沿线的张家港、
常熟市和太仓，这三个市目前都不通铁路，不管是去上海还是去南京，只能坐汽车，或是去
苏州市转车。有了沪通城际铁路后，这三市去
上海市将只需几十分钟，而未来沿江城际铁路通车后，这几个地方的旅客到南京也可以坐火车了。